Vytvoril silnú armádu a bol si taký istý úspechom, že nepovažoval za potrebné zabrániť Caesarovmu vylodeniu v Grécku. Prvá bitka sa odohrala pri Dyrrhachiu v Epire. Caesar tu utrpel menšiu porážku. Pompeius sa o Caesara nezaujímal. Namiesto prenasledovania sa sústredil na odmeňovanie svojich prívržencov úradmi.
Caesar sa však rýchlo spamätal. Hoci disponoval značne menšími silami, v bitke pri Farsale v Tesálii (6. júna 48 p. n. l.) Pompeiovu armádu porazil. Pre Pompeia bol Farsalus skôr masakrom ako bitkou, pričom Caesarove straty boli minimálne. Pompeius ani nevyčkal kapituláciu svojich vojsk a ušiel do Egypta, aby požiadal o pomoc Ptolemaia XIII. K nemu sa však už nedostal. Kráľ, ktorý nechcel dať Caesarovi zámienku pre vstup do svojej krajiny, dal Pompeia pri vystúpení na breh zavraždiť. Jeho hlavu poslal potom Caesarovi - a Caesar ho poctil návštevou. 2.6.4. Egypt

Pompeiovou smrťou sa občianska vojna neskončila. Viacerí jeho prívrženci ušli do Afriky a Hispánie a ovládli tam niekoľko miest. Egypt sa otriasal spormi medzi Ptolemaiom XIII. a jeho sestrou a spoluvládkyňou Kleopatrou. Caesar nemal síce právo, aby do nich zasahoval, ale mal armádu. Ptolemaia zosadil a na trón dosadil ďalšieho Ptolemaia. Zosadený kráľ sa pokúsil Caesara otráviť, ale bezúspešne. Vzbúril alexandrijský ľud. Vzbura sa zmenila na vojnu a Caesar musel dať spáliť svoje loďstvo, aby nepadlo do rúk povstalcov. Pri tejto príležitosti ľahla popolom aj slávna alexandrijská knižnica. Nakoniec Caesar zvíťazil a pripravil tak pôdu pre neskoršiu premenu Egypta na rímsku provinciu. Svojimi zásahmi v Egypte si Caesar získal Kleopatrinu vďačnosť, a ako je známe, nielen vďačnosť. Mal už síce 52 rokov a Kleopatra mu mohla byť dcérou, ale generačný rozdiel im zrejme neprekážal. Strávili spolu deväť mesiacov. 2.6.5. Koniec občianskej vojny

Roku 47 p. n. l. povstal Mithridatov syn Farnakés, a tak musel Caesar vymeniť pohodu v Egypte za pochod Bitýnie. V celej vojne došlo len k jednej bitke, pri meste Zele, a Caesar po nej oznámil do Ríma: „Prišiel som, videl som, zvíťazil som“. Toto veni, vidi, vici je azda najstručnejšia správa o priebehu a výsledku vojny, akú poznajú dejiny. Roku 46 p. n. l. porazil pri Thapse v severnej Afrike Scipiona, podporovaného numídskym kráľom Jubom. Utiku potom obsadil bez boja, keď jej obranca Cato Mladší spáchal zo zúfalstva nad márnosťou obrany samovraždu. Pompeiových synov Gnaea a Sexta porazil o rok neskôr v Hispánii. Roku 46 p. n. l. oslávil Caesar štyri triumfy : za víťazstvo nad Galiou, Egyptom, Farnakom a Jubom.