Vydal takzvaný rozkaz o komisároch, podľa ktorého mali byť všetci politickí pracovníci Červenej armády zavraždení. Okrem toho sa stále posilňovali jednotky SS určené na likvidáciu civilného obyvateľstva, čo prispelo k zostreniu vojenských operácii. Postup nemeckého wermachtu v prvom období vojny bol takmer plynulý. Vplyvom správania nemeckých vojsk, rástol odpor civilných obyvateľov na obsadených oblastiach, vytvárali sa ohniská odboja v tyle wermachtu a s pribúdajúcou jeseňou sa cesty menili v močiare, ktoré neskôr zamŕzali, vzdialenosti zásobovacích ciest rástli. Na takúto ruskú zimu nebola nemecká armáda pripravená.

V prvých dňoch útoku nemecká armáda postupovala niekoľko desiatok kilometrov do vnútrozemia ZSSR denne. Neskôr začal Stalin organizovať odpor. Zariadenie strategických továrni, ktoré sa nedostali do rúk nepriateľa sa demontovalo a odvážalo na Ural, kde sa montovalo a okamžite začalo s výrobou. Každého červenoarmejca, ktorý sa dostane do zajatia, označil Stalin za zradcu. Vojaci, ktorí sa dostali do obkľúčenia, sa snažili prebiť cez front, alebo vytvoriť polovojenské oddiely, ktoré operovali v tyle nepriateľa. Stalin presúval zo Sibíru čerstvé jednotky. Krach nemeckých vojsk pod Moskvou

1. decembra 1941 Hitler prikázal nemeckej armádnej skupine Stred zaútočiť na Moskvu. Velenie skupiny Stred si však uvedomovalo, že na útok nie je armáda pripravená. Dňa 5. decembra 1941 začala Červená armáda pod Moskvou protiútok, ktorý prinútil Nemcov ustúpiť. Ako prvý zaútočil ruský Západný front pod velením maršala Žukova, jedného z najväčších veliteľov a stratégov II. Svetovej vojny. Na nemeckú armádnu skupinu Sever zaútočil Kalininský front po velením generála Koneva. Na nemeckú armádnu skupinu Juh zaútočil Briansky front. V bitke o Smolensk boli prvýkrát použité raketomety „Kaťuša“ odpaľujúce neriadené strely. Nemeckí vojaci nemilo prekvapení raketometmi ich pomenovali „Stalinove organy“. Nemci už nemali nijaké zálohy, ustupujúce oddiely sa museli za frontom znova organizovať. Hitler odmietol žiadosť velenia armády na ústup. Jedinou pevnou čiarou bola línia Dvina – Dneper, čo znamenalo ústup o 500 km. V treskúcej zime na ťažko zjazdných cestách mali Sovieti výhodu, lebo poznali terén a ich výstroj bol na ruskú zimu lepšie prispôsobený. Nemci postupovali veľmi pomaly, pretože už v jeseni stratili v bahne mnoho techniky. Mali veľké straty na životoch. Hitlerova predstava o „bleskovej vojne“ sa tak rozplynula, plán Barbarossa stroskotal.