Zbedačená posádka horko – ťažko previedla Endevaour cez Indický oceán. 14. marca 1771 Endevaour zakotvil v Kapskom Meste. Tu sa Cook dozvedel, že Francúz Bougainville navštívil Tahiti roku 1768. Plavba od mysu Dobrej nádeje do Anglicka trvala tri mesiace; 13. júla Endevaour zakotvil v Downs a Cook odcestoval do Londýna podať hlásenie. Správa o pohostinnom východoaustrálskom pobreží vzbudila v Anglicku veľký záujem a kolonizácia tejto časti sveta sa začala sedemnásť rokov po skončení prvej Cookovej výpravy. Botanický záliv a susedný Port Jackson sa stali ohniskom anglickej expanzie na piatom kontinente.