V septembri 1791 sa znova vracia na Korziku. Ešte stále obdivoval Paoliho. Salicetti, zástupca Korziky v Národnom zhromaždení skoro pobadal separatistické tendencie Paoliho a keď sa vrátil na Korziku, postavil sa na čelo opozície proti nemu. V Ajacciu dosiahol Napoleon významný úspech. Proti Paoliho vôli ho zvolili za plukovníka práporu dobrovoľníkov, čo znamenalo odchod z regulérnej armády. Mladá Francúzska republika prežívala v lete 1793 ťažké obdobie. Spomeniem len dva najnebezpečnejšie neúspechy – Angličania dobili Toulon a domáca kontrarevolúcia sa pripojila k zahraničnej. Plukovníkovi Napoleonovi Bonapartovi zverili velenie pobrežnej batérie. Zostával nedoceneným. Jeho starý známy Salicetti, teraz komisár konventu ho poveril velením delostrelectva v Carteauxovej armáde, ktorá už dlhšie obliehala Toulon. A práve týmto rozhodnutím sa začala jeho kariéra. Vypracoval úplne nový plán dobytia Toulonu. To sa Carteauxovi nepáčilo. Napoleon sa obrátil rovno na konvent, ktorý mu plán schválil. Útok sa začal v noci na 17. novembra 1793 a o piatej ráno bol už Toulon v rukách republikánskej armády. Bonaparte nemusel čakať, kým ho minister vojny začlení k slávnym osobnostiam. 22. decembra 1793 mu Robespierre ml. a Salicetti z moci komisárov udelili hodnosť brigádneho generála.
V júli 1794 došlo k politickému prevratu a popraveniu Robespierrovcov. Z logiky situácie vyplýva, že Napoleona , ich favorita, uväznili. Mal však šťastie v nešťastí, keď ho po dvoch týždňoch prepustili a dokonca mohol zostať v štábe talianskej armády.
Medzi tým Rakúšania útočili na vysilené Francúzsko. Napoleona preložili 7. mája 1795 k Západnej armáde, ktorá bojovala proti vzbúrencom v departemente Vendée. Koncom roku 1794 sa začali mierové rokovania s Pruskom. Skončili sa mierovou zmluvou. Vtedy sa už na obzore črtala nová protifrancúzska koalícia- Anglicko, Rakúsko a Rusko.
V tejto situácii sa Napoleonovi naskytla šanca znovu dokázať svoje schopnosti. Iróniou je, že nie proti zahraničnému nepriateľovi. Závažné chyby republikánskej vlády spôsobili, že sa stúpencom zvrhnutého kráľa podarilo zorganizovať 40 000 vojakov, kým celé vojsko konventu malo len štvrtinu tohto počtu. V tomto ťažkom postavení bol Napoleon vymenovaný za veliteľa delostrelectva. Veľkú presilu porazil. Tu sa po prvý raz stretol s mužom, ktorý mu mal byť v budúcnosti najbližším druhom- Muratom.
Konvent Napoleona za spomínané víťazstvo povýšil do hodnosti divízneho generála a vymenoval ho za hlavného vojenského veliteľa Paríža. Napoleona 2.