Napoleon, ako víťaz, vkročil do Verony a krátko potom vyhral bitku o Mantovu. Bol už vlastne pánom celého Talianska. Direktórium ho muselo akceptovať. Direktórium sa pochopiteľne chcelo Napoleona zbaviť a tak ho vymenovali za hlavného veliteľa tzv. Anglickej armády, ktorá mala vstúpiť na Britské ostrovy. Význam tohto „šachového“ ťahu pochopíme až keď si uvedomíme, že vtedy najväčšou hrozbou pre Francúzsko bolo Anglicko. Napoleon už dlhšie rozmýšľal o tejto vojenskej výprave. Keď však zobral do úvahy všetky okolnosti, vychádzalo mu, že najefektívnejšie by bolo na Anglicko zaútočiť v pásme Stredozemného mora tým, že zaútočí na Egypt. 19. mája 1798 vyplávalo z Toulonu prakticky celé francúzske loďstvo. O cieli nik nič netušil. Napoleon to udržal tak v tajnosti, že akcia prekvapila samotného ministra obrany. Obrovská flotila o 3 týždne priplávala na strategicky významné miesto – Maltu. Tento ostrov bez akýchkoľvek ťažkostí francúzska armáda porazila a obsadila. 2. júla 1798 vstúpili Francúzi do Alexandrie. 1. augusta o šiestej večer sa pred francúzskou flotilou, ktorá kotvila v Abúkírskom zálive neočakávane zjavilo anglické loďstvo, ktorému velil legendárny admirál Nelson. V námornej bitke Francúzi utrpeli zdrvujúcu porážku. Na druhý deň francúzska flotila prestala existovať. Zo stoviek lodí sa podarilo ujsť iba štyrom. 23. augusta v noci Napoleon tajne ušiel. Plávať do Francúzska mu trvalo neuveriteľných 47 dní. 9. októbra 1799 sa na obzore objavil sotva viditeľný tmavý pásik zeme. Keď sa konečne jeho nohy dotkli francúzskej zeme ešte nemohol tušiť veľkosti úloh a úspechov, ktoré ho čakajú. Keď sa Napoleon vrátil do Francúzska, našiel ho priam v nepredstaviteľnej kríze. Po porade s mladším bratom Lucienom (predsedom Rady päťsto) a Sieyesom (najvplyvnejším členom Direktória) usporiadal 18. novembra 1799 štátny prevrat, ktorý sa stal klasickou ukážkou nekrvavého prevzatia moci. Rada starších ho vyhlásila za veliteľa ozbrojených síl Paríža a okolia.
Začiatku prevratu, jeho prvému dňu triumfoval úspech. Direktórium bolo zvrhnuté, jednoducho prestalo existovať. Situácia sa začala vymykať z rúk. Napoleon násilím prinútil Radu päťsto prijať uznesenie dočasnej komisie troch konzulov: Sieyesa, Ducosa a Napoleona. Týmto sa začala jeho nová etapa. Nielen jeho. Celého Francúzska. Napoleon mal vtedy 30 rokov...
Zhoda v trojčlennom konzuláte netrvala dlho. Rozdielne stanoviská sa prejavili už pri príprave novej ústavy, ktorá bola vydaná 13. decembra 1799. Mala však jednu zvláštnosť, aká sa predtým ani potom neobjavila v žiadnej ústave sveta.