októbra rakúska armáda kapitulovala. V Ulme padlo do zajatia vyše 20 000 vojakov a naviac Francúzi ukoristili veľké zásoby munície. Víťazstvo ohromilo celú Európu. Napoleon však po ňom nezaspal na vavrínoch. Postupoval na Viedeň a keď vstúpil do rakúskeho hlavného mesta zdalo sa, že vojnu už vyhral. Zjednotenú rusko-rakúsku armádu podriadili veleniu skúseného Kutuzova. Naviac sa očakával aj príchod pruských vojsk. Do štábu armády zavítali ruský cár a rakúsky cisár. V tejto vojne sa vyvíjala situácia na mori dosť zle. Anglické vojsko, ktorému velil admirál Nelson, zničilo 21. októbra 1805 celú francúzsku flotilu. V dôsledku toho sa stal plán invázie do Británie pre Bonaparta nereálnym. Víťazstvo pri Ulme zastrela táto prehra. Uvedomoval si, že mu môže pomôcť len ďalšia výhra. Chcel Rakúšanov a Rusov vlákať do pasce, aby im mohol vnútiť rozhodujúci boj, výhodný pre neho. K zápasu došlo 10. decembra 1805 na Morave pri Slavkove. Napoleon zvíťazil a neskôr často hovoril, že vyhral 40 bitiek, ale Slavkov bol najvýznamnejší. Napoleonova reputácia a autorita sa zvýšila tým, že 21. novembra 1806 V Berlíne podpísal dekréty o celokontinentálnej blokáde proti Britským ostrovom.
Koncom januára 1807 sa dozvedel, že ruská armáda sa dala na pochod. Okamžite sa odobral k vojsku. Ruská a francúzska armáda sa stretli v rozhodujúcom boji pri Preussisch-Eylu. Bola to jedna z najkrvavejších Napoleonových bitiek. Rusi – 30 000 mŕtvych, Francúzi – 20 000 mŕtvych. Po tomto zápase Pruský kráľ a ruský cisár podpísali dohodu, v ktorej sa zaväzovali nerokovať s Napoleonom dovtedy, kým Francúzov nezaženú za Rýn. Jemu však stále žičilo šťastie.
14. júna došlo k bitke Friedlande. Víťazom bol Napoleon. Ruský cár požiadal o stretnutie. Oficiálne rokovali v Tylži od 25. júna do 9. júla 1807. Vyšli ako spojenci a priatelia. Napoleon sa do Paríža vrátil 27. júla 1807.
Osud Portugalska bol vtedy už spečatený. Francúzsko- španielska dohoda o rozdelení Portugalska bola podpísaná 27. októbra 1807 vo Fontainebleau. Keď Portugalsko padlo, Napoleon vytušil, že sa oň nemusí deliť. Španielsko však nebolo ani Portugalsko, ani Toskánsko. Bolo obrovským štátom a dynastia Bourbonovcov patrila medzi najstaršie v Európe. Vládla v ňom však neobyčajne komplikovaná vnútropolitická situácia, ktorá bola výsledkom odlišných záujmov členov kráľovskej rodiny.
Napoleon sa veľkomyseľne ponúkol, že rozsúdi a zmieri členov kráľovskej rodiny. Všetko sa na koniec skončilo tak, že všetci uchádzači o trón sa ho vzdali v prospech Napoleona.