Takto viazali značnú časť cisárskych vojsk a umožnili osmanskej armáde dobyť Ostrihom (1605). V tábore povstalcov však vznikli rozpory a Štefan Bocskay bol prinútený pristúpiť na rokovanie s Habsburgovcami. Dňa 23. júna 1606 uzavreli vo Viedni mier, ktorý zaručoval uhorskej šľachte väčšie zastúpenie v centrálnych úradoch, vo veliteľskom zbore a obsadenie úradu palatína. Stavom sa zaručovala náboženská sloboda. Podnetom pre povstanie Gabriela Bethlena, sedmohradského kniežaťa, boli tak vnútropolitické, ako aj zahraničnopolitické príčiny. Gabriel Bethlen vystúpil proti porušovaniu ustanovení Viedenského mieru (1606) v čase, keď boli Habsburgovci plne zamestnaní českým povstaním. V auguste 1619 vpadol na východné Slovensko, obsadil Košice a nechal sa svojimi prívržencami vyhlásiť za hlavu Uhorska a ochrancu protestantov. Jeho vojská, posilnené tureckými oddielmi a stoličnými insurekciami, rýchlo prenikli na západné Slovensko, kde sa zmocnili Nových Zámkov, Trnavy a na krátky čas aj Bratislavy. Spolupráca s českými a moravskými stavmi však nepriniesla očakávané výsledky. Na sneme v Bratislave (január 1620) schválili konfederáciu s českými stavmi a na ďalšom sneme v Banskej Bystrici (august 1620) zvolili stavy Gabriela Bethlena za uhorského kráľa. Po porážke českého povstania na Bielej hore (8. november 1620) nastal obrat aj v Bethlenovom povstaní. Počas ofenzívi cisárskych vojsk roku 1621 sa podarilo dobyť Bratislavu, Nitru a ďalšie mestá. Gabriel Bethlen preto uzavrel 31. decembra 1621 s cisárom mier v Mikulove. Vzdal sa dobytého územia a titulu uhorského kráľa. Uhorským stavom potvrdil cisár práva a privilégiá sľúbené Viedenským mierom. V ďalších protihabsburských akciách vystupoval Gabriel Bethlen ako člen viacerých koalícií – s nemeckými protestantmi, Holandskom a Francúzskom. Vojenské akcie roku 1623 trvali dosť krátko a znovu zlyhala spolupráca s protestantskými spojencami. Nová tzv. Haagska koalícia v dôsledku porážky dánskej porážky v Nemecku tiež nemohla splniť pôvodné predsavzatia. Gabriel Bethlen začal vojenské akcie pomerne neskoro (september 1626). Až v polovici októbra sa v Ponitrí spojil s Petrom Mansfeldom a so sasko – weimarským vojvodom Jánom Ernestom. Pre pokročilosť ročného obdobia nepokračovali na Bethlenov návrh vo vojenských akciách. Koncom roku 1626 uzavrel Gabriel Bethlen v Bratislave mier, ktorý už do konca života neporušil. V povstaní Gabriela Bethlena dosiahla uhorská šľachta potvrdenie svojich privilégií, ale pre najpočetnejšiu vrstvu obyvateľstva – poddaných - neprinieslo okrem vojnových útrap nič.