Do rámca tridsaťročnej vojny patrí aj vystúpenie Juraja I. Rákócziho. Vonkajšie podnety pre vystúpenie proti Habsburgovcom boli v tomto povstaní zrejme silnejšie ako vnútorné príčiny. Ako spojenec Švédska a Francúzska využil Rákóczi nepriaznivú situáciu pre Habsburgovcov, aby sa vyhlásil za ochrancu nespokojných uhorských protestantov. Zo Sedmohradska prenikol na východné Slovensko a ďalej na západ (1644). Roku 1645 prenikli Rákócziho oddiely znovu na západné Slovensko a ponáhľali sa na pomoc švédskemu generálovi L. Torstensonovi, obliehal Brno. Na zásah vysokej porty prerušil Juraj I. Rákóczi vojenské akcie a vrátil sa do Sedmohradska. Ná základe Lineckého mieru (16. decembra 1645) získal Juraj I. Rákóczi do doživotnej držby sedem stolíc na severovýchode Uhorska, z toho Szatmársku a Szabolcsskú natrvalo. Linecký mier rozšíril slobodné vyznávanie náboženstva aj na poddaných, ale inak jeho ustanovenia bránili iba privilégiá šľachty, upevňovali moc a rozširovali majetok Rákócziovskej rodiny. Syn Juraja II. sa koncom päťdesiatych rokov neprezieravo vrhol do bojov o poľský trón, čím vyvolal konflikt Sedmohradska s portou. To malo za následok úpadok moci Sedmohradska a jeho plnú závislosť od porty. Nespokojnosť s vnútornou politikou (rekatolizácia, daňová politika, centralizácia), ale aj zahraničnou politikou viedenského dvora vyvolala v Uhorsku nové vlny odporu voči Habsburgovcom. Po neúspechu magnátskeho sprisahania a po potlačení poddanských vzbúr a povstaní začali čoraz väččší význam nadobúdať oddiely kurucov, najmä na východnom Slovensku. Všeobecná nespokokjnosť prepukla roku 1678 do otvoreného povstania, na čelo ktorého sa postavil Imrich Thököly, bohatý hornouhorský magnát. Z východného Slovenska prenikol do oblasti banských miest a na Hornú Nitru. Kurucké hnutie sa týmto osamostatnilio od Sedmohradska a jeho základňou sa stali stolice na severovýchode Uhorska. Pod dojmum kuruckých úspechov zvolal cisár do Šoprone snem (1681). Už predtým odvolal absolutistickú formu vlády a na sneme obnovili uhorskú ústavu. Keďže sa nedohodli v otázkach náboženstva, Imrich Thököly sa znovu chopil zbrane. Roku 1682 prijal Imrich Thököly ochranu porty a stal sa vazalom Osmanskej ríše. Počas výpravy osmanskej armády proti Viedni (1683) sa Imrich Thököly zmocnil skoro celého Slovenska, ale porážka Turkov znamenala aj rýchly koniec jeho moci. Upevnenie postavenia Habsburgovcov po vyhnaní Turkov a presadzovanie centralistických opatrení vyvolalo znovu veľkú nespokojnosť v Uhorsku. Povstanie Františka II.