Po uzavretí mieru s Rakúskom sa Napoleon vydáva 19. mája 1789 na výpravu do Egypta, ktorá by mala Angličanom odrezať dôležitú cestu do Indie. Predpokladá, že domorodé obyvateľstvo sa proti angličanom vzbúri, no nestane sa tak. Francúzi v bitke pod pyramídami v Káhire víťazia a britský admirál Nelson za krátky čas dokonca poráža i francúzsku flotilu pri Abukire. Napoleonova armáda sa vydáva na východ, dobýja Tel Aviv, Hajfu, Palestínu, no kvôli šíriacej sa morovej nákaze a nedostatku munície sa vracia späť do Káhiry. Napoleon necháva svoju armádu v Egypte napospas nepriateľom, horúčave a chorobám a vracia sa do Francúzska, kde nastolí vojenskú diktatúru. Výprava do Egypta bola katastrofou, ale mala význam z hľadiska histórie - znovuobjavenie egyptských pyramíd a snaha o rozlúštenie ich tajomstiev a hieroglyfov začala storočie veľkého rozmachu archeológie.
V r. 1802 sa mu podarilo uzavrieť mier s Angličanmi, no 2 roky na to sa rozpory s Britániou prehlbujú, Napoleon sa snaží obmedzovať dovoz anglického tovaru do Európy a Angličania odmietajú odísť z Malty a tak sa roku 1805 opäť začína vojna. Británia mala veľkú strategickú výhodu – tou bol kanál La manche. Británia disponovala vojenským námorníctvom dosť silným na to, aby kanál ustrážila. 19. októbra 1805 sa Briti blížia k francúzsko – španielskej flotile 33 bojových lodí plávajúcich južne od Cádizu, pričom Nelson viedol náveternou líniou 12 lodí a Colingwood viedol na záveternej línii 15 lodí. Veliteľ francúzskej flotily Vilneuve mal síce početnú prevahu v lodiach aj v delách, no Briti vynikali velením a morálkou – plánovali preniknúť francúzsko – španielskou líniou na dvoch miestach a zaujať nepriateľa bojom na krátku vzdialenosť, aby mu znemožnili únik. Nelson chcel mať istotu, že bitka bude dobojovaná až do konca, a preto bol pripravený zmieriť sa na začiatku so zničením alebo poškodením niekoľkých lodí, aby sa priblížil natoľko blízko, aby jeho bočné delá zničili nepriateľa, no sám utrpel smrteľné zranenie. Vedenie bitky prevzal Colingwood a v nasledujúcej hodine bolo zničených ďalších 9 nepriateľských lodí. Bitka pri Trafalgare bola na konci. Skončila masakrom – 4408 mužov mŕtvych a 2250 zranených. Napoleonova námorná moc bola naveky zlomená. Napoleon zúril a zmenil taktiku. Začal šíriť správy, že chce uzavrieť mier. Cár Alexander k nemu poslal svojho generála, ktorý potvrdil, že sa Napoleon chce vzdať.