Hranice však ešte stanovené neboli, keď v januári 1884 cárske jednotky dobyli strategickú oázu Merv (Mery). Afganci odpovedali tým, že obsadili oázu Pandždeh na sever od Kušky. V marci 1885 cárski vojaci dobyli Pandždeh späť a v Kuške sa opevnili. Kvôli tomu vypukol medzi Veľkou Britániou a Ruskom medzinárodný konflikt, ktorý vyvolal nebezpečie vzniku vojny medzi oboma veľmocami. Rusko však nechcelo riskovať vojnu a včas svoje vojska zastavilo. Kríza sa vyriešila kompromisom. 10. 9. 1885 bola v Londýne podpísaná rusko-britská dohoda o Afganistane, ktorá určila rusko-afgánske hranice, ponechala väčšinu sporného územia Rusku a uznala prevládajúci britský vplyv v Afganistane. Zmluva bola uzavretá z iniciatívy Anglicka, obávajúceho sa o ohrozenie svojej vlády v Indii. Hranice boli potom vytýčené dodatočne v rokoch 1886 až 1888. 4. Budovanie centralizovaného štátu koncom 19. storočia

4.1. Emir Abdurrahmán (1880 – 1901)
Na konci 19. storočia za začal formovať jednotný centralizovaný štát absolutistického typu. Emír Abdurrahmán sa ho snažil upevňovať, podľa európskych vzorov uskutočnil niektoré reformy, pre jednotlivé rezorty vytvoril ministerstvá, zaviedol finančný a daňový systém, reorganizoval armádu a snažil sa o zjednotenie všetkých afgánskych kmeňov.

4.2. Durandova línia
Na tom však nemali Briti ani najmenší záujem, preto v roku 1893 vyslali do Kábulu misiu, ktorú viedol vyjednávač sir Mortimer Durand. Ten prinútil emira Abdurrahmána podpísať 12. novembra 1893 ďalšiu nerovnoprávnu zmluvu, podľa ktorej nová hranica viedla po vrcholoch neobývaných hôr, tak aby územie východopaštúnských kmeňov pripadlo Britskej Indii.
Takzvaná Durandova línia viedla od Chajbaru až po Chitral, oddelila od Afganistanu rozsiahle územie obývané niekoľko miliónmi Paštúnov a pripojila ich k britskej koloniálnej ríši. Línia rozdelila rodiny paštúnskych kmeňov a neviedla po prirodzenej prírodnej hranici. Preoznačenie si vyžadovali aj severné afgánske hranice v Pamíre, kam sa koncom 19. storočia rozšírila moc cárskeho Ruska. Britsko-ruská dohoda o afgánskych hraniciach podpísaná v roku 1895 stanovila definitívne hranice Afganistanu. Rusku bola priznaná oblasť Pamíru. Vachanské údolie medzi Pamírom a Indiou bolo priradené k Afganistanu. Tým bolo zamedzené spoločnej hranici Ruska s Indiou. Dohoda o Durandovej línii, navrhnutá Britániou, bola sformulovaná v angličtine, podpísaná oboma stranami, a mala mať platnosť na ďalších sto rokov, t.j. do roku 1993. Abdurrahmán však anglicky nerozumel, preto bola preložená do paštúnčiny.