októbra 1962 preletelo nad západnou Kubou špionážne lietadlo U-2, ktorého fotografie urobené asi 150 kilometrov západne od Havany nad San Cristóbal jasne identifikovali rakety stredného doletu. To znamenalo, že ZZSR porušil sľub daný Spojeným štátom, podľa ktorého bude ich pomoc na Kube výlučne defenzívna. Ráno 16. októbra prišiel poradca pre otázky bezpečnosti McGeorge Bundy do Bieleho domu, aby informoval prezidenta. Prezident takmer okamžite zvolal schôdzu vojenských a občianskych veliteľov, ktorý vytvorili skupinu pod názvom ExComm- Výkonný výbor Rady bezpečnosti štátu, ktorý bol vlastne spojením “jastrabov a holubov“. Jastraby mali prevahu a vyslovovali sa za vojenské riešenie, Bez prestávky zasadala počas 13 dní trvajúcej krízy, pričom všetky stretnutia boli nahrávané bez vedomia účastníkov, ktoré boli pred niekoľkými rokmi sprístupnené. ExComm mal 3 možnosti- nič nerobiť, bola, vzhľadom na Kennedyho predošlé varovanie, nemysliteľná. Znamenalo by to, že Rusom by sa otvorila nová oblasť, kde by mohli silou presadzovať svoje záujmy a Amričania by zákonite stratili tvár. Ďalšou možnosťou bola diplomatický tlak cez OSN- zaviesť námornú blokádu Kuby a zabrániť tak úplnému rozmiestneniu sovietskych rakiet, hoci v tom čase Spojené štáty nemali istotu, či sa na Kubu dopravili jadrové hlavice pre tieto rakety. (V skutočnosti ich na Kubu dopravili na lodiach ešte pred uvalením embarga a bolo ich možné, ak by prišiel takýto príkaz z Moskvy, odpáliť v priebehu niekoľkých hodín). Rusi však mali právo veta, navyše, každá ochota Američanov pristúpiť na kompromis mohla vyzerať ako slabosť a kontraproduktívne mohla Rusov povzbudiť. Azda sa dalo aj tajne a súkromne ovplyvňovať Fidela Castra, rakety však vlastnili Rusom a odstrániť ich mohli len oni. Tretia možnosť ponúkala letecký útok na raketové základne. Po tejto operácií by pravdepodobne nasledovala rozsiahla invázia, avšak situáciu sťažovala prítomnosť červenej armády na Kube. Nakoniec sa rozhodli pre druhú možnosť, pre pasívny vojnový akt, ktorý nazvali provokatívne “karanténa“, avšak v zálohe si nechávali tretiu možnosť a usilovne prebiehalo sústredenie inváznych jednotiek, čo o niekoľko dní zapríčinilo paniku na Kube.
22. októbra vystúpil Kennedy v televíznych obrazovkách a oznámil svetu situáciu na Kube a súčasne aj americkú reakciu s názvom “karanténa“, ktorá sa mala začať o 48 hodín. Začal vyjednávať zo Sovietskym zväzom o stiahnutí rakiet, inak začne embargo. Aby pridal svojim slovám vážnosť, uviedli sa do pohotovosti americké strategické sily na celom svete. Sovietsky zväz nepovolil a tak sa podľa očakávaní začala 24. októbra blokáda.