„Aká škoda, že Boh nadelil človeku obmedzenú inteligenciu, ale aj neobmedzenú hlúposť", komentoval vtedy túto hanebnú porážku nemecký kancelár Konrad Adenauer. Sám Kennedy neskôr o tejto udalosti povedal svôjmu bratovi že: „by bol radšej označovaný za agresora než za babráka“. JFK musel prehltnúť medzinárodnú blamáž. Castrov režim zvrhnutý nebol, naopak, upevnil si pozície a priam ho posotil do náručia Moskvy. Prezident hodil zodpovednosť na Allena Dullesa a zbavil ho funkcie riaditeľa CIA.
Nevyriešený a vážny problém na začiatku 60. rokov predstavoval Západný Berlín. V júni 1961 o ňom rokoval JFK dva dni s Chruščovom vo Viedni. Východonemecké obyvateľstvo utekalo na Západ, komunistický režim Waltera Ulbrichta nelákal, naopak odpudzoval. Preto bol nevyhnutný radikálny krok. Ten nastal v nočných a skorých ranných hodinách 13. augusta 1961. Okolo Západného Berlína natiahli ostnatý drôt. Ľudia v snahe využiť poslednú možnosť odchodu z komunistickej krajiny skákali z okien domov do rozprestretých plachiet na západoberlínskych chodníkoch. O tri dni tieto budovy zbúrali a začali stavať naozajstný múr. Západ bol šokovaný a najprv mlčal. Na výzvu Willyho Brandta zareagoval JFK. Do Berlína poslal viceprezidenta Johnsona a generála Luciusa Claya. JFK prišiel, až keď bol múr hotový. Získal si sympatie obyvateľovov západného Berlína i celej demokratickej Európy. Svoj prejav v blízkosti múru ukončil zvolaním „Ich bin ein Berliener" (Som Berlínčan), ktoré znamenalo, že Američania zo Západného Berlína neodídu. Hoci po krátky čas na berlínskej Friedrichstrasse stáli proti sebe sovietske a americké tanky, západné mocnosti nakoniec realitu akceptovali.
V Moskve zrejme takútu politiku zhodnotili ako slabošstvo. Sovietsky Zväz - využijúc príležitosť vojensky sa dostať k americkým brehom a tak razantne zmeniť rovnováhu síl - začal na Kube tajne montovať odpaľovacie rampy pre rakety stredného doletu. Americké letecké snímky špionážneho lietadla U2 v októbri 1962 však tento krok odhalili. Keď poradca pre otázky štátnej bezpečnosti McGeorge Bundy 16. októbra Kennedyho informoval o preskúmaní záberov analytikmi CIA, prezident práve raňajkoval. Bol šokovaný? Podľa Bundyho nie: „Bol to silný muž a chladnokrvný chlapík. Bol ohromený dôležitosťou informácie. No šok je príliš silné slovo". Kennedy sa mohol rozhodnúť medzi troma možnosťami - neurobí nič, vojensky zaútočí alebo vyhlási blokádu. Kennedy sa striedavo prikláňal na tú či onú stranu, prikázal pokračovať v prípravách na letecký útok, ale nakoniec zvolil námornú blokádu Ostrova slobody (Kuby).