Vyzval Chruščova, aby nariadil návrat sovietskych lodí s nákladom raketových zbraní späť do ZSSR. V televíznom prejave poprosil Američanov, aby nepodľahli panike a informoval o krokoch vlády. Vyhlásil čiastočnú mobilizáciu ozbrojených síl. V tom čase zohral pre JFK strategickú úlohu jeho Ex Comm (Executive Committee - Výkonný výbor Rady národnej bezpečnosti). Išlo o neoficiálnu skupinu mužov, starých oddaných politikov, infelektuálov, ako aj súrodencov Bobbyho a Teddyho, ktorá rozhodovalo mimo kabinetu a Kongresu USA o možnej atómovej vojne či mieri, resp. o osude celej krajiny. JFK vyhlásil dôslednú blokádu - karanténu. V ten deň dostalo velenie strategického letectva pokyn na bojovú pohotovosť. Vidiac „pevný“ americký postoj, Chruščov o 13 dní kapituloval, nariadil návrat 25 sovietskych lodí s raketami vrátane demontáže odpaľovacích rámp. Samozrejme, inštalácia rakiet bola dobrodružná provokácia a Chruščov sa chcel zviditeľniť - vytĺcť politický kapitál a pred svetom ukázať silu Moskvy. Z udalosti však vyšiel ako záchranca slobodného sveta JFK, čo bol jeho najcennejší triumf. Pre Chruščova to bola podobná blamáž ako pre Kennedyho Zátoka svíň. V dvojstrannej dohode sa USA zaviazali, že Kubu vojensky nenapadnú a z Turecka stiahnu zastarané nukleárne rakety Jupiter. Medzi Washingtonom a Moskvou zriadili horúcu telefónnu linku. USA súhlasili s predajom obilia do ZSSR. Kennedy a Chruščov podpísali v júli 1963, aj za účasti Veľkej Británie, dohodu o zastavení skúšok nukleárnych zbraní v atmosfére, na otvorenom priestore a pod vodou.
Zpôsob, akým prezident Kennedy pritupoval ku Kube, ukazuje na nedostatočné pochopenie amerických životných záujmov a neschopnosť rozlišovať medzi predstavou a skutočnosťou. Tieto slabosti, charakterizujúce Kennedyho propagačný prístup k politike, sa prejavili aj inde, najmä v kozmickom programe a vo vietnamskej vojne. V určitom zmysle bol Kenendy skôr profesionálny športovec, propagandista a politický obchodník než štátnik.
Kennedy mal 36 rokov, keď sa oženil. Sám sa v tom čase chrakterizoval ako človek pre manželstvo starý, ale zároveň príliš mladý. Nemal chuť meniť životný štýl. Hoci na jednej strane pôsobil ako nevyzretý človek, mal v sebe fluidum, ktorým ľudí úžasne priťahoval. Chcel byť prezidentom, no nikdy nemusel zarábať peniaze, zodpovedne a vážne rozhodovať. Obdivovali ho rovnako muži ako ženy. Muži ho rešpektovali a obdivovovali pre jeho vzhľad, odvahu i pre úspechy u žien. Nezanedbateľná bola jeho túžba byť lídrom, sympatická zasa rozpačitosť i sebairónia, presné formulácie i sarkastický humor.