Sancho dal biskupa uväzniť a zabral mu jeho majetok. Pápež kráľa exkomunikoval. Za vlády Alfonsa II (1211-1223) si kráľ snažil upevniť len svoju majetkovú základňu, a tým proti sebe popudil šľachtu i cirkev. Proti povstaní šľachty využil pápežské sprostredkovanie a za mier sa odmenil niekoľkými hradmi. Konflikt s arcibiskupom s Bragy riešil zvyčajným spôsobom: poslal mestské vojsko drancovať arcibiskupov majetok. Arcibiskup svojho kráľa exkomunikoval z cirkvi a keď Alfons zomrel nemohol byť pochovaný do vysvätenej pôdy. Potom nasledovala vláda Sancha II (1223-1248) dobyl v ťažkých zrážkach územie na juhu. Anarchie viedla časť kléru a šľachty, aby povstala proti kráľovi a opierajúc sa o panovníkovho brata Alfonse, ktorý žil vo Francúzsku. Roku 1245 vzburu podporil aj pápež, keď prohlasil Sancha za zosadeného a vládu predal Alfonsovi. Po dvoch rokoch občianskej vojny, Alfons zvíťazil a Sancho utiekol do Kastílie, kde po istej dobe zomrel. Na trón nastupuje Alfons III (1248-1279), ktorý svoju úlohu zvládol úspešne, čo sa týka administratívnej vojenskej , ale aj kultúrnej stránky. Kráľ povýšil význam juhu tým, že roku 1255 učinil Lisabon sídlom svojho dvora. Poloha Lisabonu v ústi Teja a v blízkosti mora bola veľmi výhodná a preto sa tu od polovice 13.storočia začalo vyvíjať hlavne mesto štátu a ríše. Pre Portugalsko bolo priaznivé aj obdobie vlády kráľa Dinisa (1279-1325) zvaného aj spravodlivý, alebo kráľ roľník. Svoju vládu zameral na osídlenie a rozvoj zeme a na povznesenie vzdelanosti. Dinis nešetril donáciami cirkvi po celej zemi zhustla sieť kaplniek, kostolov a kláštorov. Okrem osvetového poslania týmto panovník sledoval aj populačné ciele, kostol sa veľmi často staval zárodkom novej dediny. Najväčšiu pozornosť venoval Dinis povznesením dedín. Zákonom z roku 1286 zakázal nielen cirkvi, ale aj náboženským radom získavať ďalšiu pôdu. Zákon obmedzoval prílišný vzrast duchovenstva, a naviac umožnil dať bezzemkom k dispozícií nevyužité a prebytočné pozemky. Kráľ vedel oceniť význam lesov pre remeslo, stavby a lodiarstvo. Sám volal do Portugalska staviteľov lodí, hlavne z Talianskeho Janova. Avšak až neskôr malo bohatstvo dreva poslúžiť k stavbe dobyvateľských lodí. Rozvoj základnej výroby sa prejavil na trhoch známych v Portugalsku od 12.storočia. Za jeho vlády dostalo mnoho miest široké tržné práva. To viedlo k zdynamizovaniu hospodárstva. Za jeho panovania sa do popredia dostáva námorníctvo, a to prirodzene viedlo k rozmachu obchodu z inými štátmi.