Vo februári 1798 francúzske vojsko obsadilo Rím. Dňa 15. februára 1798 sa z pápežského štátu stala Rímska republika. Pápež Pius VI. ( 80-ročný ) odmieta opustiť Rím, preto bol zatknutý a väznený v kláštore pri Florencii. Zomiera o rok neskôr pri deportácii do Valance. V Rímskej republike bola zavedená ústava III. roku nadiktovaná francúzskou komisiou. Republika existuje ako protektorát. Boli zrušené fideikomisi, zrovnoprávnení Židia s ostatnými občanmi. Už 24.2.1798 vznikli prvé nepokoje v armáde proti novému veliteľovi v Ríme, Berthierovi a zároveň povstal i rímsky ľud proti francúzskej okupácii. V novembri 1798 atakovala neapolská armáda Rímsku republiku. No neudržala sa tu dlho. V decembri Rím znovudobyli francúzske vojská.

V januári1799 dobyli v pouličných bojoch francúzske jednotky aj Neapol. Mala to byť odveta za snahu neapolského kráľa obsadiť Rím. 26.januára 1799 bola so súhlasom Francúzska vyhlásená Parthenopská republika (podľa starého názvu Neapola, Parthenopé). Týmto bol zvrhnutý rod Bourbonovcov aj v tejto oblasti. Kráľ si udržal len ostrov Sicíliu (aj to vďaka pomoci Anglicka ). Republika mala oporu v časti vzdelancov, mešťanov a úradníkov. Ľud a cirkev naďalej podporovali kráľa. Neapol sa stal ďalším satelitom Francúzska. Týmto krokom bol dobudovaný systém tzv. sesterských republík. Parthenopská republika existovala len 5 mesiacov. Po vypuknutí druhej koaličnej vojny sa Neapol pridáva na stranu protifrancúzskej koalície (podobne sa zachoval aj v tretej koaličnej vojne).

Vo februári prinútilo Francúzsko vojensky sardínskeho kráľa k abdikácii. Karol Emanuel IV. si udržal len Sardíniu (za pomoci Anglicka). V Piemonte bola ustanovená republikánska vláda závislá od Francúzska.

Rok 1799 je poznačený novou koaličnou vojnou - druhou. Od marca sa Taliansko stáva bojiskom v tomto spore. V marci sa rakúske jednotky presunuli do Verony a porazili Francúzov pri Legnane. V tomto roku sa zapája do vojny aj Rusko. Na jar 1799 sa rakúsko - ruské jednotky objavujú v Pádskej nížine. Spojeneckým vojskám velí ruský generál Suvorov (velenie preberá v apríli vo Valeggiu). 26. - 28. apríla porazil Suvorov na rieke Adde francúzskeho generála Moreaua a 29.4.1799 vtiahol do Milána. Suvorov rýchlo pochoduje z východu na západ Talianska, koncom mája je v Turíne a dobýja pevnosti Peschiera, Casale a Valenza. V júni na rieke Trebbia rozprášil Macdonaldovu armádu.