Pri Mantove bola nútená francúzska armáda kapitulovať 30.7.1797. Do Talianska je vyslaný z Francúzska generál Joubert, ktorý je však zastrelený hneď na začiatku bitky pri Novi (15.8.1799).Velenie musel prebrať Moreau, ale aj tak Francúzi utrpeli zdrvujúcu porážku. Suvorov však svoju výhru nevyužil a kvôli rozporom medzi spojencami sa stiahol späť. Výsledkom však bolo vytlačenie francúzskej armády z Talianska (okrem Janova) v lete 1799. Cisalpínska republika bola zničená a bol nastolený predrevolučný režim. Protifrancúzsku koalíciu podporuje celý taliansky vidiek, vznikajú roľnícke a ľudové vzbury, dvíha sa silná reakčná vlna. V Kalábrii sa snažil kardinál Ruffo dobyť Neapol. Neapol bol obkľúčený z dvoch strán - z pevniny kardinálom a od mora flotilou admirála Nelsona. Mesto sa bránilo niekoľko dní, no nakoniec muselo pristúpiť k čestnej kapitulácii. Podmienky kapitulácie však Nelson neprijal, čoho dôsledkom bol masaker v meste, v ktorom prišla o život i reakčná šľachta.

Druhé ťaženie Napoleona do Talianska v roku 1800
Jedným z dôvodov návratu, ktorými Napoleon ospravedlňoval svoj „útek" z Egypta boli aj udalosti v Taliansku. Vyčítal vláde Direktória, že nedokázala udržať dobyté územie. Po vyriešení problémov vo Francúzsku (brumairsky prevrat) smerujú jeho kroky do Talianska. Francúzska ofenzíva bola zahájená 6.4.1800.

V Dijone sústredil „rezervnú armádu", s ktorou spojil aj zvyšné jednotky z juhovýchodného Francúzska. Celá armáda mala kvôli nenápadnosti postupovať po častiach a stretnúť sa mala pri švajčiarskych hraniciach. Po častiach sa uskutočnil aj prechod cez Alpy, ktorý mal zabezpečiť prekvapujúci útok na nepriateľa. Hlavné sily prešli od 7. do 22.5.1800 Veľký St. Bernardský priesmyk, zatiaľ čo ostatné zbory prechádzali cez Gotthardský priesmyk. 24.5.1800 predvoj francúzskej armády pod vedením generála Lannesa porazil pri Ivrey Rakúšanov a vpadol do Lombardie. 2.6.1800 vstupuje Napoleon do Milána. Opäť ho tu privítali búrlivé ovácie a francúzska armáda sa rozrástla o domáce posily. Náhly vpád cez Alpy priniesol síce víťazstvo, ale spôsobil aj nemalé problémy kvôli drobeniu sa vojenského potenciálu Francúzska. Napriek prevahe nepriateľa Francúzi opäť vyhrali pri Mombelle. Kľúčovou bitkou tohoto ťaženia bolo Marengo (14.6.1800). Po niekoľkých hodinách bola francúzska armáda úplne zničená a všetko ukazovalo na víťazstvo Rakúska. Takmer po boji dorazili francúzske jednotky pod vedením generála Desaixa a boj sa opäť rozpútal. Prekvapení Rakúšania nestihli reagovať a začali ustupovať.