Francúzi sa stali napokon pánmi bojiska. 15.6.1800 posiela rakúsky generál Melas k Napoleonovi žiadosť o prímerie, čo spôsobilo paniku v Rakúsku i Taliansku. Melas získal povolenie odísť so svojimi jednotkami za rieku Mincio.

Počas tohoto ťaženia sa Napoleon zúčastnil i na opere v La Scale v Miláne, besedoval s predstaviteľmi katolíckej cirkvi, prvý krát sa zúčastňuje oficiálne na svätej omši v milánskej katedrále a otvára univerzitu v Pávii (zavretá Rakúšanmi).

Napoleon pri tomto vstupe na taliansku pôdu sľubuje stabilitu, modernú a výkonnú správu, čím si získava priazeň verejnosti. Svoj sľub počas svojej 15-ročnej vlády aj uskutočnil.

Po smrti Pia VI. nastupuje na pápežský stolec Pius VII. (14.3.1800).

V roku 1800 odovzdalo Francúzsko Toskánsko / Etrúrske kráľovstvo infantovi parmskému.

Vzťahy medzi Talianskom a Francúzskom v rokoch 1801 - 1804
Vo Florencii bola 28.3.1801 podpísaná dohoda medzi Francúzskom a neapolským a sicílskym kráľom Ferdinandom o pripojení Elby k Francúzsku a nastolení kontinentálnej blokády. Mestá Oranto a Brindisi boli provizórne obsadené francúzskou armádou. Dňa 9.2.1801 bol podpísaný mier s Rakúskom v Luneville, ktorým Rakúsko odstúpilo Francúzsku horné Taliansko.