Bola zoštátnená veľká časť cirkevného majetku a rozpredávaná táto pôda záujemcov z radov šľachty i buržoázie. Zákon o obecných pozemkoch počítal s pridelením časti pôdy roľníkom, ale zostal len na papieri. Priemysel sa v tejto oblasti rozvíjal veľmi pomaly, väčšina podnikov bola v rukách cudzincov. Dôsledky kontinentálnej blokády postihli najviac práve túto oblasť, a tak sa stalo atraktívne investovanie do pôdy. Sociálne rozvrstvenie sa tu nezmenilo ani počas 10-ročnej nadvlády Francúzska .

Od tohoto obdobia môžeme badať v Napoleonovej politike uprednostňovanie a zabezpečovanie ostatných členov rodiny. Jeho sestra Elisa Bacciochi v 1805 sa stala princeznou Piombinskou, neskôr dostala aj Luccu a napokon sa stala veľkovojvodkyňou toskánskou. Po vyhnaní neapolského kráľa z Neapola bolo toto územie pridelené najprv Napoleonovmu bratovi Jozefovi (1806 - 1808) a po ňom sa neapolským kráľom stal ich švagor (manžel Caroliny Bonaparte), Joachim Murat (1808 - 1815). V roku 1805 bol Louis Bonaparte vymenovaný za generálneho guvernéra v Piemonte.

V júni bola ratifikovaná v Janove anexia Ligurska (pripojeného k Francúzsku). Podľa podmienok Bratislavského mieru (26.12.1805) muselo Rakúsko opustiť Taliansko (odstúpiť Benátky), Francúzsku prepustilo aj Dalmáciu a Istriu a uznať Napoleona za talianskeho kráľa. Etrúrske kráľovstvo bolo zrušené. V 1807 anektovalo Francúzsko Toskánsko, Parmu a Piacenzu a o rok neskôr Rím. V roku 1800 nastúpil na pápežský stolec Pius VII. Na začiatku jeho pontifikátu sa vzťahy s Francúzskom zlepšili (konkordát, 1801), no postupom času sa začali vzťahy vyostrovať. V roku 1808 Napoleon protiprávne obsadil pápežský štát. Ako dôvod uvádzal odmietnutie pápeža pridať sa ku kontinentálnej blokáde Anglicka. 17.5.1809 Pius VII. exkomunikoval Napoleona, lebo Napoleon pripojil zvyšok pápežského štátu k Francúzsku a z Ríma spravil ríšske mesto. Pápež v exkomunikačnej bule neuviedol priamo meno Napoleona, nazval ho „zlodejom Patrimonia Sancti Petri". V ten istý deň Napoleon zrušil donácie Pipina III. Krátkeho (14.4.754), ktoré garantovali existenciu pápežského štátu. Napoleon zorganizoval aj únos Pia VII. ( v noci z 5. na 6.7.1809 ). Týmto bola svetská moc pápeža zrušená. Francúzski vojaci pod vedením generála Radeta prepadli pápeža v Quirinály v Ríme a uniesli ho (aj s jeho sekretárom kardinálom Paccom) do Grenoblu a neskôr do Savony. Medzi ďalšie dôvody únosu mohli patriť odmietnutie pápeža vymenovať francúzskych kardinálov podľa Napoleonovho želania a podpora protifrancúzskych povstaní v Apúlii, Kalábrii, Benátkach a Romagni Piom VII.