Pápež bol väznený nasledujúce tri roky, ale nevyhovel požiadavkám Napoleona. Na odsadenom území prebehla sekularizácia cirkevnej pôdy, bola zrušená cirkevná a zemepanská súdna moc, cechy a vnútorné clá, bol zavedený francúzsky zakonník a formálna rovnosť pred zákonom. Nastali zlepšenia v poľnohospodárstve a výstavba komunikácií.

V tomto období sa začínajú nepokoje a formuje sa protifrancúzsky odboj. Toto viedlo k vzniku rôznych ľudových povstaní proti drancovaniu a násilnému regrutovaniu. Takéto povstania sa uskutočnili napríklad v Miláne (adelphiovia) a v Neapole (karbonári). V pápežských štátoch a Romagni pôsobila tajná spoločnosť Guelfia. Dňa 20.8.1809 generál Malet uskutočnil prvý nevydarený komplot proti Napoleonovi v Ríme. Medzi rokmi 1807 - 1810 vzniká aj tajný spolok karbonárov. Cieľom tejto organizácie bola príprava národného oslobodenia. Mali premyslené princípy konšpirácie a stali sa politickou silou na juhu Talianska.

V Taliansku existovali aj dve oblasti, ktoré pod ochranou Anglicka zotrvali mimo vplyvu Napoleona. Bola to Sardínia, útočisko savojského rodu z Turína a Sicília, úkryt neapolských Bourbonovcov. Anglická okupácia ostrovov trvala do 1811.Vo funkcii splnomocneného ministra a vojenského veliteľa bol do Palerma vyslaný lord Bentiner. Chcel proti Napoleonovi viesť politický i vojenský boj. Na Sicílii zaviedol miernejšiu verziu napoleonského zákona o zrušení feudálnych výsada konštitučný režim podľa anglického vzoru.

Znovuobnovenie starých režimov v Taliansku a Viedenský mier
V roku 1813 sa karta začala pomaly obracať. 25.1.1813 bol podpísaný vo Fontainbleau druhý konkordát s pápežom, v ktorom sa Napoleon ospravedlnil za anexiu pápežského štátu v 1809. No už 24.3.1813 ho pápež odvolal.

V roku 1814 sa šťastie začalo prikláňať na stranu protinapoleonských spojencov. V januári 1814 Murat ako kráľ Neapola vstupuje do aliancie s Rakúskom. V apríli po protifrancúzskom povstaní Miláno je okupované Rakúskom. V máji vstúpil do Turína piemontský kráľ Viktor Emanuel I. Koncom mája sa vracia do Ríma aj Pius VII. Jeho odpor proti Napoleonovi posilnil jeho morálnu autoritu a Viedenský kongres potvrdil pôvodné hranice cirkevného štátu.

Viedenský kongres (1814-1815) priniesol Taliansku reštaurovanie politicko-administratívnych feudálnych prvkov, hoci Code Napoleon zostal naďalej v platnosti (okrem Turína). Výsledkom Kongresu bolo obnovenie starých dynastií (okrem Benátok a Janova).

Neapol sa vracia do rúk Ferdinanda IV., kráľa oboch Sicílií, obnovuje sa cirkevný štát (je vrátený pápežovi), Sardínske kráľovstvo opäť získava Savojsko a anektuje Janov. Väčšina Talianska sa dostáva do rúk Habsburgovcov. Je vytvorené Lombardsko-benátske kráľovstvo (miestokráľa menovala Viedeň) a Toskánsko s Modenou sa stali habsburskými sekundogenitúrami. Rakúsko sa stáva prekážkou národného zjednotenia Talianska. Celkovo sa Taliansko rozdelilo na 8 politických útvarov. Boli znovu zavedené vnútorné clá a hospodárske hranice sa utvorili aj vo vnútri samotných štátov.