Francúzi rozprášili španielske aj anglické oddiely (časť z nich sa musela nalodiť a ich veliteľ sir John Moor bol zabitý). Jozef sa vrátil do Madridu a Napoleon odišiel na stretnutie s cárom. V tomto období bolo Španielsko takmer celé pod francúzskou nadvládou. Anglické vojská mohli operovať len v Portugalsku, španielska armáda bola vytlačená na juh ku Cádizu. Jozef ovládal centrálne Španielsko, kde sa snažil vládnuť podľa bayonnskej ústavy. Mal však stále finančné problémy a kvôli guerillovej vojne mal ťažkosti s komunikáciou s francúzskymi armádami. Navyše jednotliví velitelia si počínali samostatne a neprijímali rozkazy od nikoho okrem Napoleona.

V roku 1812 v súvislosti s neúspešným ťažením v Rusku začal Napoleon sťahovať časť armád zo Španielska. To znamenalo šancu pre španielske jednotky a wellingtonovu anglo-portugalskú armádu. Wellesley v roku 1812 prerazil z Portugalska, spojil sa so Španielmi a prešiel do ofenzívy, ktorá vytlačila Francúzov na sever. Po pár porážkach sa museli Angličania na čas znova stiahnuť do Portugalska. V roku 1813 prišla záverečná ofenzíva, ktorá prinútila Soulta ustúpiť za Pyreneje a ani jeho víťazstvá neznemožnili Španielom vstúpiť na francúzske územie. Vojna v Španielsku skončila. V decembri 1813 ukončil Napoleon španielsku vojnu podpisom zmluvy s Ferdinandom VII., ktorou bola obnovená situácia pred bayonnskými abdikáciami.

Spôsoby odboja

Partizánska vojna
Vznik povstania bol ospravedlňovaný dvoma spôsobmi. Ferdinand abdikoval nedobrovoľne, a preto je jeho abikácia neplatná. Druhým dôvodom bolo zajatie panovníka a zradcovská činnosť najvyšších orgánov štátu, ktoré spolupracovali s Jozefom. Z toho vyplýva, že junty sa organizovali na obranu práv Ferdinanda a na obnovu suverenity.

Celkom špecifickým spôsobom boja na vidieku boli takzvané guerilly. Bol to partizánsky odboj roľníckeho obyvateľstva založený na prepadoch a sabotážach, ktoré sa opierali o znalosť terénu. Činnosť týchto oddielov bola samostatná a každý z nich mal vlastného veliteľa. Činnosť gueríl bola obzvlášť silná v hornatej Andalúzii, ktorú sa Francúzom nikdy nepodarilo celkom ovládnuť.

V mestách sa k obrane pridávalo väčšinou všetko obyvateľstvo, ktoré potom kládlo fanatický odpor a Francúzi boli nútený bojovať o každý dom, čo spôsobovalo obrovské ťažkosti a zdržanie pri obsadzovaní strategických bodov v Španielsku.