Mešťanstvo a väčšina šlachty požadovalo neutralitu.

Závislosť na Anglicku spôsobila vstup do protifrancúzskej koalície. Portugalsko vyslalo kontinget 5400 vojakov, ktorí spolupracoval so Španielmi a ľodstvo, ktoré pomáhalo Angličanom. Portugalská armáda potvrdila povesť o svojej úbohosti a po neúspešnych bojoch sa stiahla spolu so Španielmi. Na nátlak Anglicka, zostalo Portugalsko vo vojnovom stave s Francúzskom a nepridalo sa k bazilejskej zmluve.

Španielsko-francúzske spojenectvo v rokoch 1800-1807

Konflikt s Portugalskom
Dôsledky zmluvy zo San Ildefonza boli katastrofálne. Anglické loďstvo odrezalo Španielsko od jeho území v Amerike a tým otvorilo obchod so španielskymi kolóniami pre seba a USA. Tento vývoj hrozil štátnym bankrotom, ktorému sa Godoy snažil zabrániť predajom štátnych dlhpisov a rozpredávaním cirkevnej pôdy v miere, ktorá rozzúrila konzervatívcov. V roku 1800 bola podpísaná druhá zmluva zo San Ildenfonza, ktorá bola neskôr ratifikovaná Aranjeuzskou dohodou. Nová zmluva ešte tesnejšie pripútala Španielsko k Francúzsku. Španielsko dalo svoju flotilu k dispozícii Napoleonovi a zaslalo ultimátum Portugalsku, ktorého lode sa zúčastnili na zničení francúzskej flotily pri Abukíre.

Godoy v roku 1801 poslal Portugalsku žiadosť, aby uzavrelo mier s Francúzskom, zrušilo koalíciu s Anglickom, otvorilo prístavy Francúzom a Španielom a zavrelo ich Britom. Španieli tiež žiadali o nové vytýčenie hraníc a zaplatenie kontribúcii Francúzsku. Portugalci samozrejme takéto podmienky nemohli prijať. 2. mája vyhlásilo Španielsko Portugalsku vojnu, ktorá sa stala známa ako Pomarančová vojna. Španielsko sa pri svojej invázii prakticky nestretlo s odporom. Anglické oddiely v Portugalsku boli evakuované. Briti to zdôvodňovali nutnosťou ochrany portugalských kolónii.

Keď sa Španieli približovali k Lisabonu, Portugalsko zaslalo žiadosť o prímerie. Mier bol podísaný v Bajadoze 6. júna. Portugalsko stratilo časť územia (pevnosť Olivenca), uavrelo svoje prístavy Angličanom, zaplatilo kontribúcie a umožnilo Francúzom voľný obchod s textíliami na svojom území.

Zhoršovanie vzťahov s Francúzskom, začiatky vnútropolitickej krízy
Po uzavretí Amienského mieru (1802) dostalo Španielsko od Angličanov späť Menorku, ale vojna medzi Francúzskom a Anglickom znova zatiahli do konfliktu aj Španielsko. Godoy sa snažil o neutralitu, ale v roku 1803 bol nútený podpísať zmluvu o finančnej podpore Napoleona. Následkom neustálych útokov Angličanov vyhlásil Karol IV. v roku 1804 Anglicku vojnu.