Do konfliktu sa zapojilo len španielske loďstvo, ktoré bolo spolu s francúzskym v roku 1805 zničené pri Trafalgare.

Táto porážka a Napoleonvo arogantné a pohŕdavé správanie voči Španielsku, zapríčilo, že Godoy začal vyjednávať aj s členmi protinapoleonskej koalície. Po porážke Pruska našiel Napoleon v Berlíne list, v ktorom Karol IV. Fridrichovi Viliamovi sľuboval, že v prípade pruského víťazstva vpadne do Francúzska.

Godoyova pozícia bolo po vojenských neúspechoch veľmi oslabená. V Španielsku bol veľmi nepopulárny. Šľachta ho neznášala kvôli jeho nízkemu pôvodu, duchovenstvo kvôli rozpredávaniu cirkevného majetku. Medzi nižšími triedami vyprovokovala nenávisť inflácia. Godoy musel čeliť niekoľkým spiknutiam a po roku 1806 aj nespokojencom z radov šľachty, zoskupenými okolo asturijského princa Ferdinanda4. Jedinými Godoyovými ochrancami ostali Karol IV. a jeho manželka. Spory medzi zástancami Godoya a ferdinandovcami prerástli do sporov, ktoré Napoleona utvrdzovali v presvedčení, že v Španielsku je nutné nastoliť poriadok intervenciou.

Po neúspešnom pokuse o prevrat (Revolta privilegovaných z roku 1807), Godoy videl záchranu v Napoleonovom pláne na zničenie Portugalska. Dúfal, že po rozkúskovaní dobytého územia sa mu ujde kniežatstvo, kde by sa mohol uchýliť v prípade problémov v Španielsku. Táto Godoyova snaha sa stala základom pre podpísanie zmluvy z Fointainebleau (1807), v ktorej sa Španielsko a Francúzsko dohodli na obsadení a rozdelení Portugalska. Vojna v Portugalsku

Portugalsko pod francúzskou nadvládou
Od roku 1802 (zmluva v Amiens) do roku 1807 žilo Portugalsko v mieri pod záštitou Anglicka. Napoleon sa o portugalské záležitosti začal zaujímať až po porážke Pruska, v súvislosti s kontinentálnou blokádou. Vďaka podriadenosti Portugalska Britom, sa z neho stala vlastne anglická kolónia a Lisabon ako skvelý prístav otvorený anglickým lodiam mohol zničiť celý projekt kontinentálnej blokády, navyše portugalské územie mohlo Britom poslúžiť ako predmostie. Napoleon v roku 1807 ultimatívne žiadal, aby Portugalsko vyhlásilo Anglicku vojnu, odvolalo vyslanca z Londýna a uväznilo britských občanov v krajine. Portugalskému vyslancovi sa otvorene vyhrážal obsadením jeho krajiny. Portugalsko sa snažilo vyhovieť Francúzsku a súčastne nenahnevať Angličanov. Portugalci formálne uzavreli prístavy ale dovolili Britom slobodne odísť aj z majetkom, no po proteste Francúzska pár Angličanov uväznili. Výsledkom takéhoto jednania bolo nepriateľstvo Francúzska a nedôvera u Britov.

Napoleon nakoniec poveril maršála Junota aby s 30 000-vou armádou Portugalsko obsadil.