Podľa fointainebleauskej zmluvy mal sever Portugalska pripadnúť etrúrskemu kráľovi, juh mal dostať Godoy a zbytok sa mal rozdeliť až po vojne.

Napriek tomu, že junotova armáda bola v žalostnom stave, nekládli jej Portugalci takmer žiadny odpor, hoci pri rozhodnejšej protiakcii by Francúzi zrejme neuspeli. 25. novembra 1807, keď sa Francúzi približovali k Lisabonu, Štátna rada rozhodla, že kráľovská rodina musí utiecť do Brazílie. Regent Ján VI. menoval 5-člennú regentskú radu a vyzval Portugalcov k zachovaniu pokoja a na počudovanie, aj k priateľskému prijatiu Francúzov. 29. novembra vyplávali lode s kráľovskou rodinou a jej doprovodom v spoločnosti britských vojnových plavidiel smerom k Brazílii.

Junot vstúpil do Lisabonu 30. novembra a ubytoval sa v kráľovskom paláci. Francúzski vojaci následne Lisabon vyplienili. Na protesty obyvateľov odpovedali Francúzi streľbou. V roku 1808 predniesol Junot proklamáciu, v ktorej vyhlásil rod Braganca za zbavený moci. Portugalsko bolo zverené pod právomoc veliteľa francúzskeho vojska. Následne bola vyhlásená 100 miliónová kontribúcia a začalo sa konfiškovanie cenností. Anglická intervencia

V tejto situácii začalo vznikať v Portugalsku hnutie odporu. 6. júna vzniklo hnutie protifrancúzskej rezistencie a biskup z Oporta vytvoril dočasnú vládu. V celej zemi sa postupne začalo šíriť povstanie, napriek brutálnej snahe o jeho potlačenie. V tejto situácii presvedčil anglický toryovský poslanec Arthur Wellesley parlament, aby bol do Portugalska vyslaný zbor pod jeho vedením. 13 500 anglických vojakov sa vylodilo na pláži v strednom Portugalsku a spojilo sa s povstalcami. Wellesley následne porazil Francúzov pri Rolice a Vimeire (za víťazstvo dostal titul vikomta z Wellingtonu) a 30. augusta bolo v Sintre, nátlak ostatných veliteľov anglickej armády, podpísané prímerie, ktoré Francúzom umožňovalo voľný odchod z Portugalska aj s korisťou (lode na prevoz poskytli Angličania). Táto dohoda ukazuje, že Portugalsko bolo Britmi považované za bezprávnu kolóniu. Nikto sa nezaoberal portugalskými protestmi a žiadosťami o odškodné. Wellesleyho úspechy prerušila verejná mienka v Anglicku, ktorá obviňovala veliteľov z nedostatku rozhodnosti, keď nezaútočili na Španielsko. Wellington bol načas zbavený velenia. Ďalšia francúzska invázia prišla ešte v roku 1808, keď do Španielska prišiel aj Napoleon. Inváziu do Portugalska viedol maršál Soult, ktorý donútil Angličanov k ústupu. Veľká Británia hodlala svoje vojsko evakuovať. Wellesley znova presvedčil svojich kolegov aby to nerobili a ujal sa velenia britských zborov. V roku 1810 spolu s porugalským miestodržiteľom lordom Berensfordom zorganizoval obranu a donútil oulta ustúpiť.