Murat bol v Španielsku všade nadšene vítaný. Ľudia očakávali, že Francúzi zosadia nenávideného Godoya. Prvé problémy nastali po obsadení pevnosti nad Barcelonou. Vtedy aj Godoy prehlásil, že nastal čas brániť sa a odvolal španielskych vojakov, ktorý pomáhali Junotovi v Portugalsku. Definitívny koniec španielsko-francúzskeho spojenectva znamenalo Napoleonovo ultimátum, ktoré zaslal Godoyovi. Napoleon žiadal otvorenie španielskych kolónii francúzskym lodiam, podpis zmluvy o útočnom a obrannom spojenectve a posunutie hranice až k rieke Ebro výmenou za strednú časť Portugalska. Godoy kráľovi navrhol odchod do Andalúzie a zorganizovanie odporu na juhu.

Napoleon predpokladal, že kráľovská rodina sa rozhodne pre útek do kolónii podobne ako sa to stalo v Portugalsku. Karol s manželkou sa v paláci v Arenjuez pri Madride skutočne rozhodli utiecť. Proti tomuto plánu sa postavil princ Ferdinand. V Madride táto správa vyvolala nepokoje a do paláca sa vypravili vzbúrenci vedení šľachticmi. Povstalci napadli Godoya, ktorého kráľ musel zbaviť všetkých hodností. Keď vzbura neskončila ohlásil Karol svoju abdikáciu v prospech Ferdinanda.

Približne v tomto čase dorazil Murat so 40 000 vojakmi do Madridu. Španieli ho nadšene vítali, lebo predpokladali, že prišiel zaistiť Ferdinandov nástup na trón. Napoleon už ale s Bourbonovcami nepočítal a navrhol trón svojmu bratovi Ludovítovi, kráľovi Holandska. Ten ponuku odmietol a španielsku korunu dostal Jozef Bonaparte, ktorý sa následne vzdal Neapolského kráľovstva (to neskôr dostal Murat).

Po príchode Francúzov začal Karol ľutovať svoju abdikáciu. Murat mu poradil aby sa koruny nevzdával, ale aby sa radšej uchýlil pod ochranu Francúzov. Ferdinand medzitým vstúpil, za veľkého nadšenia do Madridu, ale francúzske uznanie nedostal. Napoleon sa rozhodol, že celú situáciu urovná na francúzskej pôde v Bayonne. Do Madridu pricestoval Napoleonov minister vnútra Savary, vojvoda de Rovigo, ktorý mal k Napoleonovi pozvať Ferdinanda pod zámienkou vyriešenia situácie okolo nástupníctva. Murat zariadil aby do Bayonne prišiel aj Karol s manželkou a priviezli aj Godoya.

V Bayonne sa odohrala trápna scéna hádky medzi členmi kráľovského rodu, ktorá sa skončila Ferdinandovým zbavením nástupníctva. Karol prehlásil, že Španielsko môže byť zachránené len cisárom. Potom odovzdal svoju krajinu Napoleonovi, ktorý následne dal korunu svojmu bratovi. Karol a Mária Lujza dostali za odmenu kniežatstvo vo Francúzku a rentu. Ostal už len Ferdinand, ktorý sa svojho práva na trón odmietol vzdať.