Na jeho odstránenie bolo využité povstanie dos de mayo. Následník bol obvinený z jeho podnecovania a následne uvrhnutý do domáceho väzenia na zámku Valencay.

V júli bol za kráľa vyhlásený Jozef ako don José Primero. Do Bayonne prišla delegácia priaznivcov Jozefa (členovia Rady štátu, Rady Kastílie...). Títo ľudia potom schválili ústavný návrh predložený Napoleonom. Tento návrh známy ako Bayonnská ústava predstavoval prvú písanú španielsku ústavu. 20. júna vstúpil Jozef do Madridu, keď predtým musela francúzska armáda rozohnať vzbúrencov pri Medone di Seco.

Vojna za nezávislosť
Po prvotnom nadšení z abdikácie Karola a pádu Godoya sa v Španielsku a predovšetkým v Madride začala nálada meniť. Hnev spôsobil najmä odchod kráľovskej rodiny do Francúzska. V Španielsku sa začali šíriť povesti o uväznení kráľa a následníka trónu. Na Francúzov sa začali Španieli pozerať ako na uzurpátorov. Pomaly sa začali ukazovať náznaky nepokoja, drobné demonštrácie a útoky na francúzskych vojakov. Do Madridu sa začali schádzať ľudia z okolia. Dôvodom vypuknutia nepokojov (2. mája) bol odvoz niektorých ďalších členov kráľovského rodu do Bayonne, najmä správy o tom, že ich odchod nie je dobrovolný. Pred domom, v ktorom býval Murat, sa zišli davy protestujúcich ľudí. Začiatok povstania predznamenal útok na francúzskeho dôstojníka, ktorého ochraňovali jeho vojaci. Násilie sa čoskoro rozšírilo po celom meste. Murat bol nútený poslať svoje vojsko do ulíc a do večera bolo povstanie krvavo potlačené. Napoleon aj Murat sa domnievali, že táto vzbura bola ojedinelá udalosť a ovládnutie Španielska by nemal byť problém. Proti Francúzom ale postupne povstal celý polostrov. V každom kraji spontánne vznikali junty, ktoré riadili miestny odboj. Základné úlohy odboja boli: vytvorenie ústrednej junty a žiadosť o pomoc od Angličanov. Povstanie znemožnilo Francúzom obsadiť kľúčové mestá. Vo všeobecnosti platilo, že Francúzi dokázali obsadiť územia bez prírodných prekážok (stredné Španielsko). Hornaté oblasti boli pod kontrolou guerilly (partizáni). V júli Španielska armáda prvý raz porazila francúzske vojsko pri Bailéne. V tom čase Wellington prinútil ustúpiť Junota. Takisto kráľ Jozef bol nútený ustúpiť za rieku Ebro. Napoleonovi odtial poslal známu správu:" Sire, moja pozícia ma nedesí, ale je v histórii úplne unikátna. Nemám tu ani jedného prívrženca6."

Napoleon neúspechy v Španielsku považoval za osobnú urážku. V novembri pritiahla do Španielska Grande Armée na čele s cisárom.