Počátek války přivítal český domácí občanský odboj s nadějemi na brzké obnovení samostatnosti Československa. Vlna odporu, která se rozšířila v českém národě a kterou nezastrašilo ani preventivní zatýkání předpokládaných odpůrců nacismu v rámci akce Albrecht I. (1. září 1939), vyvrcholila masovými demonstracemi 28. října 1939. V Praze došlo k rozsáhlým srážkám demonstrantů s okupační mocí, při kterých byl zastřelen dělník Václav Sedláček a smrtelně raněn student medicíny Jan Opletal. Jeho pohřeb se stal příležitostí k dalším spontánním masový, demonstracím. Nacistická moc na ně reagovala terorem zaměřeným v prvé řadě proti studentům. 17. listopadu bylo v Praze popraveno bez soudu devět studentských funkcionářů, české vysoké školy byly uzavřeny a do koncentračního tábora bylo odvlečeno na 1200 vysokoškolských studentů.

Masová vystoupení proti okupantům vzbudila pozornost a represe okupantů pobouření v celém demokratické světě. Brutální teror ukázal, že další otevřené střety s okupační mocí nejsou možné. Občanský odboj se proto soustředil na vytváření dalších ilegálních organizací a jejich propojování do odbojových sítí. Cílem občanského odboje se stala obnova samostatného Československa. Vojenská odbojová organizace Obrana národa připravovala od začátku války masové ozbrojené vystoupení proti okupantům, národní povstání, ke kterému mělo podle plánů dojít v okamžiku, kdy se přiblíží porážka Německa. Teritoriálně organizovaná síť Obrna národa, podřízená ústřednímu velení v čele s generálem Josefem Bílým, počítala pro povstání s účastí asi 80 000 mužů. Sílily také ostatní odbojové organizace.

Na jaře roku 1940 se občanské odbojové organizace spojily a vytvořily Ústřední vedení odboje domácího- ÚVOD, které tvořili zástupci Petičního výboru Věrni zůstaneme, Obrany národa a Politického ústředí. Občanský odboj přecházel postupně od organizační práce, vydávání a rozšiřování periodik a letáků k aktivním formám odboje. Vynikajících výsledků dosáhli na tiché frontě českoslovenští zpravodajci, kteří dodávali informace politického, hospodářského i vojenského charakteru do VB i SSSR. Roku 1941 vyvrcholila aktivita českých odbojových organizací. Došlo k celé řadě stávek, vzrostl počet sabotáží, bylo přerušováno telefonní a telegrafní vedení, poškozována vojenská technika narušována železniční doprava.