S úkolem pacifikovat rozbouřenou situaci v protektorátu byl koncem září 1941 vyslán do Prahy jako zastupující říšský protektor obergruppenfürer ss a generál policie Reinhard Heydrich, šéf Hlavního úřadu říšské bezpečnosti, který zavedl politiku cukru a biče. Po jeho příchodu bylo vyhlášeno stanné právo, během jehož trvání bylo do ledna 1942 popraveno 500 lidí. Začalo také masové zatýkání, které vážně narušilo ilegální odbojové sítě, v říjnu 1941 byl rozbil i Ústřední národně revoluční výbor Československa. Na pomoc decimovanému domácímu odbojovému hnutí začaly být od poloviny roku 1941 vysílány do protektorátu parašutistické výsadky z VB. Měly za úkol obnovení přerušeného rádiového spojení mezi domácím a zahraničním odbojem, obnovu přetrhaných odbojových a zpravodajských sítí, v některých případech i sabotáž. Zvláštním úkolem byla pověřena skupina Anthropoid, jejíž členové Kubiš a Gabčík provedli 27. května 1942 v Praze atentát na Heydricha. Tento čin sice posílil prestiž Československa ve světě, smrt zastupujícího říšského protektora 4. června byla však úvodem k německým represáliím. Znovu bylo vyhlášeno stanné právo, kterému tentokrát padlo za oběť 1600 lidí. Dalších 3000 osob nacisté povraždili v koncentračních táborech.

Po rozbití ilegálních sítí v období heydrichiády se již občanskému odboji nepodařilo obnovit svou činnost v rozsahu let 1940-41. Počátkem roku 1943 bylo navíc definitivně rozbito Ústřední vedení odboje domácího a přes snahu řady občanských odbojových organizací se nepodařilo vytvořit nový centrální orgán. Přípravný revoluční národní výbor nedokázal v letech 1943-44 plně rozvinout svou činnost a ani odbojové organizaci Rada tří se nepodařilo sjednotit občanské odbojové skupiny.Velkým problémem zůstávalo rádiové spojení domácího odboje s československou v Londýně, přestože do protektorátu byla za tímto účelem vysazena celá řada parašutistických výsadků. Příčinou oslabení odbojového hnutí byly především zásahy nacistického bezpečnostního aparátu, jehož nejvýznamnější složkou bylo gestapo, tajná státní policie. Němci měli k dispozici zkušený kvalifikovaný personál, vybavený moderními technickými prostředky. Rádiová zaměřovací služba pátrala po vysílačkách a často jejich odhalení využívala ke zpravodajským protihrám s Londýnem i Moskvou, při kterých se snažila oklamat protivníka a získat informace.