Navyše sa zástupcovia rôznych politických strán dohodli na zjednotení jednej politickej strany HSĽS – SSNJ. (Strana slovenskej národnej jednoty) Vzápätí sa sformovala autonómna vláda na čele s Jozefom Tisom. Centrálna vláda aj parlament akceptovali autonómiu Slovenska a Podkarpatskej Rusi. Bol zriadený Slovenský snem, ministrom vlády v Prahe sa stal zástupca Slovákov, K. Sidor. V súvislosti s Mníchovskou dohodou vystúpilo Maďarsko a Poľsko s ďalšími územnými požiadavkami voči Slovensku. Kým Poľsko získalo len niekoľko dedín na Spiši a Orave, Maďarsko si vynútilo Viedenskú arbitráž v novembri 1938, na ktorej taliansky Ciano a nemecký minister zahraničných vecí Ribbentrop rozhodli o oddelení južného Slovenska v prospech Maďarska. (Dunajská Streda, Galanta, Rimavská Sobota, Lučenec, Košice) V ďalších mesiacoch sa stupňovalo napätie medzi slovenskou autonomistickou a centrálnou vládou v Prahe, ktoré vyvrcholilo v marci 1939. 10. marca prebehol tzv. Homolov Puč, kedy bola slovenská autonomistická vláda rozpustená a na Slovensku bolo vyhlásené stanné právo a do ulíc vyšla armáda. 13. marca Hitler pozval Tisa do Berlína na rokovanie, kde mu dal dve ponuky. 1) Slovensko vyhlási samostatnosť a bude pod ochrannou ruko Nemecka. 2) Slovensko bude rozdelené medzi Poľsko a Maďarsko. Pod vplyvom týchto udalostí 14. marca 1939 slovenský snem vyhlásil nezávislý Slovenský štát.