Prvou bola Trnavská Univerzita. Ostrihomský arcibiskup Peter Pázmaň vymohol v máji 1635 od panovníka Ferdinanda II. vydanie zakladajúcej listiny pre katolícku univerzitu v Trnave. Vyučovať sa začalo 13. novembra 1635, a to na filozofickej a teologickej fakulte. Univerzitu spravovali jezuiti (preto jezuitská), prvým dekanom filozofickej fakulty bol Tomáš Jásberéni. Roku 1637 udelili hodnosť bakalárov 26(24) absolventom a o rok neskôr titul magistrov 14 absolventom filozofickej fakulty. V školskom roku 1667/1668 sa začalo vyučovať aj na právnickej fakulte, ktorá vznikla za podpory arcibiskupov Imricha Lóšiho a Juraja Lipaiho. Prednášalo sa na katedrách občianskeho, cirkevného a uhorského práva. Na univerzite pôsobilo 20 profesorov a navštevovalo ju asi 1900 študentov. Univerzita sa dobudovala až o sto rokov neskôr založením lekárskej fakulty (1770). V tom čase sa uskutočnila reorganizácia univerzitného štúdia v duchu osvietenstva a univerzita sa stala modernou vysokoškolskou ustanovizňou. Bola poštátnená a vyučovať na nej mohli i profesori, ktorí neboli členmi jezuitského rádu. Pri univerzite bola tlačiareň, observatórium a botanická záhrada. Pedagogickú i vedeckú činnosť reprezentovali mnohí významní učenci: Martin Palkovič z Chtelnice, M. Sentiváni, A. Adáni, A. Revický, A. Jaslinský, J. K. Horvát, J. Winterl a ďalší. Roku 1777 ju presťahovali do Budína.

Druhou bola Košická Univerzita. Jágerský biskup Benedikt Kišdy zriadil 26. februára 1657 studium generale (univerzitu) v Košiciach. Cisár Leopold I. svhválil túto školskú ustanovizeň zlatou bulou 7. augusta 1660, až keď bola zabezpečená z materálnej stránky. Roku 1658 otvorili filozofický a teologický kurz (fakultu). Prvé promócie bakalárov a doktorov sa uskutočnili roku 1661. Prvým rektorom bol Martin Palkovič (ten istý Palkovič) a po ňom nastúpil Michal Gribóci. Pri univerzite založili konvikt, seminár, navštevovalo ju 400 až 500 poslucháčov. V univerzitnej tlačiarni vydávali dizertácie, vedecké práce, učebnice, ale i kalendáre. Na univerziti pôsobili viacerí významní profesori - Juraj Berzevici, Samuel Timon, František B. Kéri. Po zrušení rádu jezuitov (1773) univerzitu prevzal štát. Roku 1777 sa zmenila na kráľovskú akadémiu, filiálku univerzitz v Budíne, s právom promovať svojich absolventov.

Tieto dve jezuitské univerzity boli jedinými vysokými školami v Uhorsku 17. storočia. Univerzity boli i kultúrnymi centrami, ktoré sa významne podieľali na rozvoji slovenskej národnosti.