Preto v roku 1611 navštívil kardinála Bellarmina a snažil sa mu nový systém vysvetliť, čo však bolo zbytočné. V roku 1614 vystúpil vo Florencii istý Tommasi Caccini, dominikán, vo svojich kázňach proti Koperníkovmu systému. Podľa jeho názoru pochádzalo od matematikov všetko kacírske zlo. Galileo poslal protest do Ríma. Sväté oficium rozhodlo, že o celej záležitosti má byť zhromaždený dôkazový materiál. Kardinál Barberini, neskorší pápež Urban VIII, si Galilea veľmi vážil. Preto mu odkázal, aby sa radšej obmedzil na fyzikálne výskumy a aby o Koperníkovom učení uvažoval iba ako o hypotéze. Galileo sa však vybral do Ríma, aby učenie hájil ako vedecký poznatok. Dosiahol však opak. Oficium považovalo predstavu o Slnku ako o strede sveta za absurdnú a kacírsku. Koperníkovo učenie bol zaradené do indexu zakázaných kníh.

Galileo prijal napomenutie Pavla V. na dôsledky, aké by mohla mať jeho neposlušnosť. Keď bol za pápeža zvolený kardinál Barberini, ktorý mu bol vždy priateľský naklonený, Galileo sa znovu vybral do Ríma presviedčať o svojej pravde. Pápež ho teda vyzval, aby napísal rozbor argumentov pre a proti. Spis mal formu rozhovoru troch mužov. Jeden bol odporca Koperníkového systému, druhy zástanca systému ptolemájovského a tretí heliocentrického systému. Sám autor tu nevystupoval. Spis dostal názov Dialóg o dvoch najväčších systémoch. Sväté oficium začalo pátrať vo svojich spisoch a našli záznam z roku 1616, podľa ktorého sa zakazovalo Galileimu zaoberať sa heretickými názormi Koperníkovými. Moderné bádanie však dokázalo, že to bol podvrh, spis nepochádzal z roku 1616, ale bol doplnený v roku 1632. Intrigy sa sústredili na to aby sa pápež Urban VIII., postavil proti svojmu obľúbencovi a pritom si zachoval tvár. Pápež sa chtiac nechtiac dostal do úlohy oklamaného a trestajúceho pontifika.

Galileiho proces bol neobvykle rýchli. Sväté oficium prihliadlo k jeho úprimnému odvolaniu všetkého za čo bojoval a Galileo nedostal najvyšší trest. Bol odsúdený k časovo neobmedzenému väzeniu. Zbytok svojho života potom strávil vo svojej vile v mestečku Arcetri a po oslepnutí vo Florencii, avšak pod dohľadom inkvizície. Po smrti nemohol byť pochovaný v rodinnej hrobke, ale bol uložený do vedľajšej kaplnky. A až tridsať rokov po smrti mohol byť na jeho hrobe vytesaný nápis s jeho menom. 6. Inkvizičné súdy

V 10. a 11. storočí existovala iba žalovania procedúra. To znamená, že proces s heretikom sa začal iba vtedy ak existovala žaloba. V 11. a 12. storočí keď sa rozšírili katari a valdénski, zamýšľalo sa prejsť k systému, ktorý by bol viac účinný.