Keď sa templári vrátili zo Svätej zeme, stali sa bankármi a vlastníkmi rôznych majetkov a šírili sa reči o ich heretických názoroch, bezbožných obradoch a nemorálnych praktikách. Filip, ktorý zrejme bažil po ich bohatstve, dal všetkých templárov v roku 1307 uväzniť, priznania, ktoré z nich dal vytiahnuť učením, odovzdal pápežovi a žiadal o odsúdenie ich reholy. Klement, ktorý spočiatku váhal sa zlomil
pod paľbou hrozieb a sľúbil zvolať všeobecný snem do Vienne. Snem nakoniec rozpustil reholu a majetok prepísal na johanitov, v praxi mal v rukách majetok až do svojej smrti Filip. 3. Španielska inkvizícia

3.1. Suprema
Na Pyrenejský polostrov prenikla inkvizícia už v 13. storočí. Zložité politické a etnické pomery vymedzili jej možnosti. V severných oblastiach susediacich s Francúzskom sa ľahko objavovala stredoveká heréza. V druhej polovice 14 .storočia sa v Aragónii svojou činnosťou „preslávil“ inkvizítor, dominikán Nicolas Eymerich. I keď jeho činnosť bola horlivá, napokon bol zo zeme vypovedaný. V Kastílii sa v tejto dobe inkvizícia výrazne nepresadila. Iná situácia nastala v polovici 15. storočia. Začala rysovať možnosť vytlačenia islamského obyvateľstva a zjednotenie polostrova pod jedinú kresťanskú vládu. Izabela Kastílska a Ferdinand Aragónsky, kráľovský manželský pár, položil základy štátnej moci nadriadenej nad cirkvou. Využili oslabené postavenie rímskej kúrie po reformných konciloch 15. storočia a presvedčili cirkev tým, že proti neveriacim bojujú hlavne v cirkevnom záujme, nie vo vlastnom. Tak ich donútili k významnému ústupku slúžiacemu jedine ich vlastným potrebám. V roku 1482 vymohli na pápežovi dohodu, podľa ktorej všetky cirkevné miesta na ich území budú obsadzované len ich poddanými. Podarilo sa im dokonca presadiť výsadu o zneužívaní cirkevných súdov a možnom zásahu svetskej moci proti nim.

Na počiatku vlády Izabely a Ferdinanda boli na ich území veľmi zložité pomery. Španielska štátna inkvizícia presadzovala jednotu náboženstva ako štátnu nutnosť. Nedôvera k nekresťanskému obyvateľstvu, ktoré prestúpilo ku kresťanstvu bola od začiatku značne viditeľná. Po stáročia na Pyrenejskom polostrove žili stovky tisíc Židov, ich spolužitie s ostatným obyvateľstvom bolo veľmi vyrovnané. V oboch kráľovstvách sa však náboženské prenasledovanie obrátilo proti nim. Židia začali byť väznení, označovaný a separovaný. „Maranos“, teda tí Židia, ktorí sa dali pokrstiť, boli podriadený priamej štátnej kontrole. Mnohí boli zámožní a tak prechádzalo k tajným presunom majetku. To poslúžilo ako zámienka na konfiškáciu majetkov, ktorý prepadal korune.