Časť zúbožených utečencov sa vracala domov, kde prímala krst. Ako „nový kresťania“ priamo podliehali inkvizičnému dohľadu a súdom. Sledovali ich tajný a verejný udavači. Torquemadovým nástupcom sa stal nemenej fanatický Diego Deza spolu so svojím pomocníkom inkvizítorom kordóbskym Lucerom. Obaja sa preslávili temnou inkvizičnou činnosťou. Dokonca sám Ferdinand Aragónsky bol nútený v úrade ich vymeniť. Dezovým nástupcom, v poradí tretím najvyšším inkvizítorom, sa stal Francisco Gonzales Ximens de Cisneros. Od smrti Ferdinanda v roku 1516 do roku 1517, keď sa krajina predávala dedičovi Karlovi Habsburskému, bol najmocnejším mužom Španielska. Mal veľké nadanie a značný politický talent, ktorý vložil do základov novodobého Španielska. Celý život zasvätil kresťanskej pokore a chudobe. Torquemada sa zaslúžil o zničenie pyrenejských Židov, Ximens vyprovokoval prvé nešťastné povstanie pyrenejských Maurov. Otec španielskeho kardinála patril len k nízkej kastílskej šľachte. Pri krste dostal meno Gonzales.

Rodina nebola zámožná, synovi však chcela zaistiť lepšiu budúcnosť, preto mu vybrali kňažstvo. Základné vzdelanie získal v neďalekej Alcate a neskôr študoval na univerzite v Salamanche. Skúšal životné šťastie na pápežskom dvore v Ríme. Neskôr si ho všimol Pedro Gonzalez de Mendoza, muž významný a schopný, ktorý bol menovaný kardinálom a arcibiskupom v Seville. Na svoje predchádzajúce miesto ustanovil práve Ximensa. Keď Ximens vstúpil do rádu františkánov – observantov prijal meno Francisco. Neskôr bol menovaný kráľovniným spovedníkom. Kráľovná ho za jeho služby odmenila vysokými svetskými a duchovnými hodnosťami. Ako 60 ročný sa stal Toledským arcibiskupom a arcibiskupský prepychový palác premenil na observantský kláštor. Chcel byť nielen dobrým kresťanom, ale i vzorným biskupom. Svoje ušetrené peniaze venoval na založenie druhej španielskej univerzity v Alcale.

Údel, ktorý postihol Židov čoskoro postihol aj, mohamedánov, ktorí zostali po páde Granady na území Španielska a obrátili sa na kresťanstvo iba navonok. Mauri sa stali etnicko-náboženskou menšinou v kresťanskom štáte. Preto sa Ximens snažil nájsť metódy, ktorými by Maurov prinútil, aby prijali kresťanstvo. Prvý granadský arcibiskup Fernando de Talavera, pokrstený Žid, začal s evanjelizáciou. Chcel použiť mierne spôsoby pretože mal skúsenosti s Maurami zo svojich misijných činností medzi nimi. Bránil sa nariadeniam Ximensa. Nepokoje však viedli k nekompromisnému riešeniu: krst alebo vyhnanstvo. Celé 16. storočie
je sériou povstaní moriskov ( pokrstený Mauri), na ktoré Suprema odpovedala inkvizičnými procesmi. 4. Rímska inkvizícia