Podobne ako Luftwaffe, bola aj Kriegsmarine budovaná ako elita. Najmä príslušníci ponorkového loďstva boli vyberaní z radov dobrovoľníkov, z radov fašistických mládežníckych organizácií. V roku 1938 bol prijatý návrh prednostnej výstavby podmorskej flotily. Uvoľnené výrobné kapacity nemeckých lodeníc boli presunuté práve na stavbu ponoriek. Pri zahájení vojnových akcií Nemecka proti Poľsku mala Kriegsmarine v službe už 57 ponoriek. Pripomeňme, že sila nemeckého vojnového loďstva bola Versaillskou mierovou zmluvou obmedzená šiestimi pancierovými loďami, šiestimi malými krížnikmi a 12 torpédoborcami (celkom 1500 mužov).

Už 4. septembra 1939 potopila nemecká ponorka U-30 v blízkosti Hebríd bez varovania britskú cestovnú loď Athenia. Tým sa začala bitka o Atlantik. Ponorky slávili úspechy nielen v potápaní bezbranných nákladných lodí, ale 17. septembra 1939 U-39 potopila torpédom lietadlovú loď Courageous. Prestíž ponorkového loďstva vzrástla, z kapitánov "pirátskych" ponoriek urobila nemecká propaganda hrdinov. Veľké straty spojencov spôsobili, že britská admiralita prijala obranné opatrenia - od októbra 1939 sa skupiny obchodných, nákladných a cisternových lodí sústreďovali do konvojov. Konvoj bol tvorený prevažne z lodí s rovnakou rýchlosťou; jeho veliteľ mal zadanú trasu, rýchlosť plavby, časové údaje kedy a kde má konvoj meniť smer plavby, aby unikol pozornosti ponoriek. Počet lodí v konvoji bol rôzny. V Atlantickom oceáne boli vytvárané konvoje zo 40-60 lodí za sebou v niekoľkých radoch s určenými vzdialenosťami. Zo začiatku lode sprevádzali tri až štyri doprovodné lode, čo však útočiace ponorky neohrozilo. Štáb Kriegsmarine vyhlásil okolo Veľkej Británie niekoľko "nebezpečných pásiem" a každá loď, ktorá do nich vošla, mohla byť bez výstrahy napadnutá. 17. októbra 1939 bol kontraadmirál Dönitz vymenovaný za veliteľa ponorkového loďstva. Pod jeho velením zničili nemecké ponorky za prvé štyri mesiace vojny 114 lodí (4% britského loďstva). Po obsadení Dánska a Nórska, začiatkom roku 1940, získali Nemci pre ponorkové akcie aj vhodné základne. Podstatne sa im skrátili vzdialenosti do Atlantického oceánu a do morských priestorov západne od britských ostrovov. Do konca mája 1940 stratilo britské, francúzske a neutrálne loďstvo 541 plavidiel o tonáži 1 750 000 brutto registrovaných ton (brt).

Napriek úspechom nemeckých ponoriek počet konvojov neklesol, na moriach bolo vždy v priemere 1000-2000 lodí. Po ôsmich mesiacoch Veľká Británia nekapitulovala, naopak, jej ministerský predseda Churchill vyhlásil cieľ: "Víťazstvo bez ohľadu na to, aké dlhá a ťažká cesta k nemu povedie...!"

Po kapitulácii Francúzska získal admirál Dönitz pre svoje ponorky základne vo francúzskych prístavoch. Ale britská admiralita od počiatku roku 1940 tiež vybudovala a vyskúšala rozsiahly systém konvojov. Len v období od 9. apríla do 20. júna 1940 odišlo z Veľkej Británie, alebo do nej priplávalo, 4364 lodí v 149 konvojoch. V septembri 1940 získalo Anglicko z USA staršie torpédoborce, väčšie obchodné lode boli vyzbrojené delami a vrhačmi hlbinných bômb, zosilnené bolo pobrežné letectvo, ktoré nepretržito hliadkovalo nad priestormi východného Atlantiku. Britské vojnové loďstvo muselo brániť tri hlavné trasy konvojov. Prvá bola pre lode plávajúce z USA a Kanady, druhá pre lode z Afriky a Južnej Ameriky. Tretia viedla z Port Saidu Stredozemným morom do Gibraltáru, okolo španielskeho a portugalského pobrežia a pokračovala Atlantickým oceánom.

8. februára 1941 začali nemecké operácie proti britským konvojom HG 53 a SLS64 plávajúcim v Atlantickom oceáne; do 12. februára 1941 ponorky potopili celkom 16 lodí. V marci 1941 napadli v Atlantickom oceáne konvoje SL 67, UB 283, XH 112, SL 68, pričom bolo potopených 23 britských lodí a zničené štyri ponorky. V dňoch 2. do 5. apríla 1941 prebiehal boj o konvoj SC 26, pri ktorom bolo potopených desať lodí a zničená jedna ponorka.

Taktika nemeckých ponoriek sa zmenila na útok v skupinách. Vznikli úderné skupiny ponoriek "vlčie svorky" s počtom osem až deväť ponoriek, neskoršie 15-20. Cieľ bol vyhľadávaný vzdušným prieskumom, prevažne štvormotorovým lietadlom typu Fw-200.

V bitke o Atlantik, v druhej polovici roku 1941 a po celý rok 1942, boli typické súboje nemeckých ponoriek s britskými a americkými konvojmi, ktoré viezli bojovú techniku, potraviny a strategické suroviny z USA, Kanady do Veľkej Británie a ZSSR. V tej dobe bolo v akcii mesačne 45 nemeckých ponoriek. Rástli však aj ich straty, spôsobené prostriedkami protiponorkovej obrany (PPO).
Po prepadnutí ZSSR začali smerovať námorné konvoje s vojenskou pomocou aj do sovietskych severských prístavov (Archangeľsk a Murmansk). Na udalosti týkajúce sa konvojov bol veľmi bohatý august 1941. Ponorky vtedy napadli konvoje SC 42, EX 150, SC 44, HG 73, OG 74, SL 87 a potopili pritom 42 lodí pri strate len troch ponoriek. Dňa 6. novembra 1941 obdržal ZSSR v rámci zmluvy o "pôžičke a prenájme" americký úver vo výške jednej miliardy dokárov, ktorý sa realizoval prevažne dodávkami lodnou cestou, teda konvojmi. Nemecko, ktoré v americkej pomoci Veľkej Británii a ZSSR videlo priamy akt nepriateľstva, vyhlásilo dňa 11. decembra 1941 USA vojnu.