V čase prvého tehotenstva bolo manželstvo pokojné a harmonické. Alžbeta našla vo svojom mužovi nežného nastávajúceho otca, ktorý ju obklopoval starostlivosťou. Na jar roku 1855 sa narodila prvá dcéra Žofia, o rok neskôr ju nasledovala Gizela. Keď roku 1857 staršia dcéra náhle zomrela, doľahla na rodinu veľká beznádej. Netrvalo dlho a cisárovná znova otehotnela. Narodením vytúženého korunného princa bolo rodinné šťastie opäť dokonalé. O niečo neskôr vypukla vojna s Talianskom a cisár musel rodinu opustiť. Keď rodinu koncom päťdesiatych rokov znepokojil Alžbetin chronický dráždivý kašeľ, poslali mladú cisárovnú na niekoľko mesiacov k Stredozemnému moru, aby sa vyliečila. Jej stav sa po prekročení hraníc zlepšil.

Pre jej duševné blaho mala táto prvá cesta aj ďalšie dôsledky: Alžbeta pochopila, že čím väčšia vzdialenosť ju delí od Viedne, tým menšie je jej trápenie. Rozhodla sa, že sa v budúcnosti nebude zdržiavať toľko vo vlasti a bude viac cestovať. Cisár sa na návrat manželky vždy tešil. Alžbeta trávila čoraz viac času na cestách, venovala sa vlastným záujmom a kontakt s rodinou udržiavala prevažne formou listou. Ak Františka Jozefa navštívila, správala sa k nemu podľa momentálnej nálady. No cisár bol naveky zaľúbeným ctiteľom svojej ženy. Na jar v roku 1868 priviedla nová uhorská kráľovná Alžbeta na svet dcéru, Máriu Valériu, jediné dieťa narodené v Uhorsku. Túto dcéru Alžbeta označovala za svoje „jediné“ dieťa.