Avšak na cisárskom poľovníckom zámku Mayerlingu, neďaleko Heiligenkreuzu v Dolnom Rakúsku, sa 30.januára 1889 odohrala jedna z tragédií rodu Habsburgovcov. Tridsaťročný arcivojvoda Rudolf, jediný syn cisára Františka Jozefa a jeho manželky Alžbety, tu spáchal samovraždu. Predtým zastrelil svoju milenku, sotva osemnásťročnú baronesu Máriu Vetserovú. Cisárovná si zrazu začala vyčítať, že synove problémy nevidela. Prestala písať básne a jej korešpondencia s manželom sa zredukovala na najnižšiu možnú mieru. Alžbetu nestálo veľa námahy urobiť cisára aspoň na jeden deň šťastným. Dokázal ho potešiť hoci krátky list. Korešpondencia cisára Františka Jozefa je až do Alžbetinej smrti svedectvom veľkej lásky. Svoj posledný list Alžbete napísal a poslal 10.septembra 1898, krátko predtým, ako sa dozvedel o jej smrti. Taliansky anarchista Luigi Luccheni ju prebodol pri Ženevskom jazere. František Jozef si zachoval svoju lásku až za hrob k žene, ktorá mu za svojho života ani v najmenšom nebola dobrou a spoľahlivou partnerkou.

Sisi spôsobovala svojmu mužovi, svojim deťom a aj sama sebe neskutočné problémy. Viedla život, ktorý sa obmedzoval len na návrhy a plány, avšak dokázala mnoho ľudí aj zaujať, ba fascinovať. Cisárovná kritizovala monarchiu a považovala republiku za jediné štátne zriadenie, schopné vyriešiť zložité problémy meniacej sa doby. Sisi nenávidela feudalizmus, ale zároveň plnými dúškami si vychutnávala výhody, ktoré jej z neho vyplývali. Odmietala aristokratickú spoločnosť, avšak nevyhľadávala kontakty s inými sociálnymi vrstvami. Utekala do dobrovoľne zvolenej samoty a zároveň aj trpela.
Keď jej anarchistický vrah uštedril smrtiacu ranu, netušil, že prebodol srdce ženy, ktorá už dávno zúčtovala so svojim životom.