Univerzita čelila z počiatku problémom s nedostatkom študentov na teologickej fakulte, s nedostatočnou dotáciou, problémom s priestormi. Spor o právomoc nad študentmi v kriminálnych veciach s mestom im tiež nijako nepomohol. Po finančnej stránke sa snažili vec riešiť žiadaním dlhu 40 000 florénov od Ferdinanda II. a potom aj Ferdinanda III., ktorí toto sľúbili splniť. Vyplatenie sa však stále posúvalo v dôsledku 30-ročnej vojny, kedy kráľ potreboval každý groš. S touto žiadosťou sa univerzita obrátila aj na Leopolda II. Ten na smrteľnej posteli prikázal opátovi , aby bolo univerzite vyplácaných 2000 zlatých prostredníctvom dvorskej komory vo Viedni. Dohoda medzi opátom a dvomi zástupcami rádu o vyplácaní dôchodkov bola uzavretá 5. augusta 1703 (68 rokov po založení). Priestorový problém sa pokúsili vyriešiť tak, že od mesta chceli odkúpiť územie na ktorom by postavili kolégium a vysokú školu, s čim však u radných pánov nepochodili. Preto ako riešenie zvolili zväčšenie gymnaziálnej budovy jej predĺžením na severe a juhu. Tým získali 8 učební ale problémy s ubytovaním, tým nevyriešili. Neskôr - 50. roky 17. stor.- tiež čelili hrozbe preloženia do Bratislavy o čo sa všetkými silami snažil páter Štefan Keresztes. Tento návrh však neprešiel. J. Lippay -ostrihomský arcibiskup- nielenže univerzitu nepremiestnil ale ešte aj posilnil jej pozíciu, keď v testamente z 31. decembra 1665 odkázal 15 000 fl. na vytvorenie právnickej fakulty, s dvomi katedrami (kanonické právo a svetské práva). S jej založením neboli žiadne väčšie problémy, lebo jej 15 000 fl. odkázal aj predchodca J. Lippaya I. Lóssy (testament zo 6. januára 1642).
Zakladacia listina právnickej fakulty je z 2. januára 1667. Obsahovala dosť presné údaje o fakulte. Bola slávnostne otvorená 16. januára 1667 a nasledujúci deň -17. januára- začali prednášky z cirkevného práva. Fakulta prešla ťažkým obdobím keď mala problémy s financovaním -obdobie protihabsburgských povstaní-, v čoho dôsledku sa málo až vôbec neprednášalo.

Od roku 1663 sa sotva 30 km od Trnavy -v Hlohovci- nachádzali Turci, čo malo neblahý dôsledok na financovanie univerzity -nedostávala dôchodky z vydrancovaných území. Napriek tomu sa mali vybudovať nové priestory. Práce trvali od roku 1677 do roku 1683, kedy boli v dôsledku Thokoliho povstania pozastavené. 20. júla 1683 sa kuruci zmocnili mesta a ostali tu do 8. augusta 1863. Vyplienili univerzitu a za jezuitov požadovali výkupné najskôr 40, potom 30 000 fl. (V dôsledku psychického zrútenia a prežitých útrap zomreli dvaja pátri ešte počas pobytu kurucov v Trnave a dvaja zomreli neskôr.) Pri odchode z Trnavy mesto zapálili a skoro celé okrem priestoru medzi univerzitným a farským kostolom ľahlo popolom. Zomrelo okolo 4000 ľudí. Šťastnou náhodou budovy univerzity boli mimo zóny ohňa, ale zhorelo množstvo stavebného materiálu určeného na dostavbu. Obnova kolégia a univerzity po tomto trvala päť rokov. V tomto období sa vyučovalo len na gymnáziu a filozofickej fakulte.
Obdobie pokoja netrvalo dlho, lebo počas rákocziovského povstania bolo kolégium vystavené na milosť raz kurucom, raz labancom až v meste na koniec roku 1703 ostala trvalá posádka Rákocziho vojska. Ich priame ovplyvňovanie mesta skončilo po bitke pri Hrnčiarovciach 26. decembra 1704. Napriek všetkým týmto trápeniam vyučovanie na univerzite stále prebiehalo, a to na všetkých troch fakultách. Prestalo až v rokoch 1709-1710 následkom vypuknutia morovej epidémie po celej krajine. Mor však zasiahol mesto a univerzitu len raz, a to v roku 1739.

Roku 1723 bolo vytvorené Uhorské miestodržiteľstvo, ktoré malo mať dozor nad školskými základinami a o rok neskôr -1724- bola dokonca Karolom III. vytvorená komisia pre túto agendu. Predpoklad, že bude aktívnejšie zasahovať do chodu univerzity sa nepotvrdil, lebo univerzitné základiny spravoval, tak ako predtým, sám rektor. 17. marca 1733 vydal kráľ nariadenie o skrátení štúdia filozofie na 2 a teológie na 3 roky, čo však bolo odmietnuté aj z dôvodu možného zosmiešnenia uhorského školstva v zahraničí.
Po smrti Karola III., vojne o rakúske dedičstvo (1740-1748) a strate Sliezska sa kráľovná Mária Terézia dala do reforiem, medzi ktorými bola aj reforma školstva. Táto sa dotkla aj TU. Po vzore Viedenskej univerzity sa štúdium na filozofickej fakulte skrátilo na 2 roky + skúšobný rok, na teologickej fakulte pribudli nové predmety s predpísanými učebnicami. Reforma právnickej fakulty prebehla neskôr a spočívala v zavedení prirodzeného práva, stanovenia učebníc a pripustením evanjelikov na fakultu.

Roku 1765 kráľovná preniesla správu školstva na novovytvorenú študijnú komisiu na Miestodržiteľstve v Bratislave. 8. apríla 1767 bol trnavský rektor M. Smitth vyzvaný, aby porovnal študijný plán TU a Viedenskej univerzity a navrhol opatrenia na zlepšenia vyučovania. M. Smitth navrhol niekoľko zmien, ako napr. zrušenie katedry kontroverzistiky na teologickej fakulte, alebo zriadenie ďalších 3 katedier na filozofickej fakulte. Študijná komora v Bratislave vypracovala plán reformy začiatkom roku 1768 a 8. marca toho roku ho postúpila Miestodržiteľstvu, s tým aby plán predložili Márii Terézii. Už v tomto období sa začínalo hovoriť o tom, že by bolo dobré univerzitu preložiť do Budína a zveriť ju tak pod dohľad biskupa (Kr. Nicky). Rozhodnutie kráľovnej o reforme vyšlo 26. septembra 1769. Veľmi stručne sa v ňom písalo, že sa má TU prispôsobiť Viedenskej univerzite. 7. novembra 1769 Mária Terézia rozhodla o tom, že sa zriadi lekárska fakulta s piatimi katedrami. Podrobnosti o fakultách obsahoval intimát Miestodržiteľstva Ostrihomskej kapituly zo 14. decembra 1769. Pre lekársku fakultu bola v rokoch 1770-1772 postavená účelová budova. Súčasne s jej stavbou prebehlo aj reštaurovanie ostatných univerzitných budov.
Podrobnejšiu úpravu o organizácii a stave univerzity obsahovala „Norma studiorum“, ktorá bola odoslaná miestodržiteľom 10. septembra 1770. Vedením univerzity bol poverený hlavný správca, podkancelár gróf J.Fekete. Jeho poradným orgánom bolo konzistórium zložené zo správcov fakúlt a vedené veľprepoštom Ostrihomskej kapituly J.Galgoczym. Dovtedy bol rektorom univerzity rektor jezuitského kolégia, ale po novom ho volili prokurátori štyroch národností. Aj keď sa Mária Terézia hlásila ku katolicizmu, reforma bola skôr zameraná proti jezuitom. Po zrušení jezuitského rádu pápežom Klementom XIV. dokumentom /breve „Dominus ac redemptor“ z 21. júla 1773 zostali jezuiti ako svetskí kňazi na filozofickej fakulte, ale z teologickej boli vylúčení. Majetky trnavského jezuitského kolégia -prevádzkovateľ TU- pripadli TU. Roku 1774 dostala univerzita jezuitský kapitál- 268 614 fl.- a v roku 1775 dostala ako dar aj ich nehnuteľný majetok -záhrady, lúky, role, mlyny, vinice, ... Zariadenie kolégia pripadlo tiež univerzite -knižnica, hvezdáreň, lekáreň, ... Zrušením jezuitského rádu sa naskytla možnosť zreformovať TU úplne podľa vzoru Viedenskej univerzity. Za týmto účelom sem boli vyslaní J.Fekete -hlavný správca univerzity- a J. Urméry -radca Uhorskej dvorskej kancelárie. Tieto reformy však nezabránili preloženiu univerzity.