Roku 1776 zriadila Mária Terézia 3-člennú komisiu vedenú Kr. Nickyim. V komisii bol ďalej aj A. Szabó -ostrihomský kanonik a neskorší prvý košický biskup- a W. Kempelen -komorský radca. Ich rozhodnutiu nezabránilo ani to, že v rokoch 1770-1772 boli reštaurované univerzitné budovy a postavená lekárska fakulta. 22. decembra 1776 komisia odporučila presťahovanie do Budína. Panovníčka poskytla univerzite kráľovský palác v Budíne. Intimát o preložení bol vydaný 6. marca 1777 a prednášky na univerzite v Trnave skončili 24. augusta 1777. Poslednú prednášku mal profesor uhorského práva Ján Zelenay. Sťahovacie náklady uhradilo mesto Budín a prednášky tu začali 9. novembra 1777. V Budíne ale univerzita nevydržala dlho. Jednotlivé fakulty čelili rôznym problémom a situácia sa nezlepšovala. V roku 1834 bola univerzita premiestnená do Pešti. V Trnave bola ako náhrada za univerzitu zriadená Kráľovská akadémia -akási kombinácia skrátenej filozofickej a právnickej fakulty- ale už roku 1786 bola premiestnená do Bratislavy.

Trnavská univerzita bola v Trnave obnovená 25. marca 1992 zákonom č. 191/1992. Znovu otvorená bola 1.júla 1992. Fakulta humanistiky a Pedagogická fakulta boli zriadené 1.septembra 1992 Akademickým senátom. V roku 1994 bola založená Fakulta ošetrovateľstva a sociálnej práce, premenovaná na Fakultu zdravotníctva a sociálnej práce v roku 1998. Zo Žilinskej univerzity prešla na TU od 1. novembra 1997 Katecheticko- pedagogická fakulta sv. Ondreja. Súčasťou univerzity je aj Teologická fakulta so sídlom v Bratislave -premenovaný Teologický inštitút sv. Alojza zriadený 1. septembra 1994. V rohu 1998 bola zriadená Právnická fakulta.

Vedenie univerzity

Rektor
- na čele univerzity
- menoval ho generál jezuitského rádu
- podliehalo mu aj kolégium
- právo menovať profesorov

Kancelár univerzity
- dohľad nad :
výučbou v súlade s vierou
plnením si povinností profesorov
riadnym priebehom skúšky
Univerzitný sudca
- menovaný kráľom
- znalec práva
- riešenie sporov a vynášanie rozsudkov
- právo odsúdiť na trest smrti
- pomáhali mu poradcovi a obhajca

Dekani
- na čele fakúlt
- právo udeliť v mene pápeža a kráľa a so súhlasom kancelára univerzity študentom, ktorí úspešne zložili skúšky, akademický stupeň : licenciát, bakalár, doktor

Právnická fakulta TU
Zakladacia listina právnickej fakulty je z 2. januára 1667. Bolo to prvé úspešné a trvalé pôsobenie právnickej fakulty vo vtedajšom Uhorsku.
Vznikla vďaka tomu, že ostrihomskí arcibiskupi Juraj Lippay a Imrich Lósy, so súhlasom kráľa, v testamente odkázali na jej založenie finančné prostriedky. Pôvodne nemala byť začlenená do rámca univerzity, teda nemala byť jezuitská. Mala to byť samostatná svetská fakulta. Nakoniec však pričlenená bola, ale viac-menej len formálne . Nebola rádová a zachovala si čiastočnú samostatnosť. Fakulta mala svoje žezlo, pečať, odznaky, zvyklosti, ... V zakladacej listine sa hovorí aj o prednášaní domáceho uhorského práva, čím predbehla mnohé zahraničné fakulty. Tento fakt vyzdvihol ako vysoko pokrokový aj historik právnickej fakulty TU Fr. Eckhart.
Právnická fakulta bola slávnostne otvorená 16. januára 1667 a nasledujúci deň začali prednášky z cirkevného práva. Právo bolo rozdelené do dvoch katedier: kanonické právo a svetské práva -rímske a domáce. Bolo to aj kvôli tomu, že žiaden jezuita by neprednášal svetské práva. Preto boli prijatí civilní profesori, ktorí mali rovnaké práva a právomoci ako jezuitskí profesori. Od roku 1688 sa začalo prednášať aj uhorské trestné právo. Z nariadenia z 3. novembra 1760 vyplýva pre právnickú fakultu TU povinnosť vyučovať všetky vedy, ktoré sa týkajú správy štátu, čím sa myslelo prirodzené právo. Bolo však potrebné zaviesť aj štúdium verejného práva všeobecného a aj uhorského a tiež štúdium tzv. policajných a kamerálnych vied.
Štúdium trvalo dva roky a absolventi mali zaujať vedúce miesta v diplomacii, štátnej a cirkevnej administratíve.
Po zrušení jezuitského rádu bola celá právnická fakulta TU zreformovaná podľa právnickej fakulty Viedenskej univerzity.