Lekárska fakulta TU
7. novembra vydala Mária Terézia intimát o reforme TU a o jej doplnení o lekársku fakultu. Svoju činnosť začala 7. novembra 1770. Jej riaditeľom bol mestský lekár Trnavy Ján Gilga z Gilgenburgu (Sliezsko), ktorý absolvoval lekársku fakultu v roku 1754 na Viedenskej univerzite. Prvým dekanom sa stal Adam Ignác Prandt. Fakulta mala 5 katedier : fiziológia a farmakológia, patológia a interné lekárstvo, anatómia, chirurgia a pôrodníctvo, botanika a chémia. Štúdium bola rozdelené do piatich rokov. S prednáškami sa začalo 29. novembra 1770 a prednášalo sa na troch rôznych miestach. Až v máji 1772 bola pre ňu dostavaná účelová budova, v ktorej bolo aj vyhovujúce chemické laboratórium. Problémy s chemikáliami však naďalej pretrvávali. Okrem výučby lekárov robila lekárska fakulta aj jednoročné kurzy pre ránhojičov a lekárnikov a niekoľkotýždňové kurzy pre pôrodné asistentky. Z počiatku nebol dostatok preparátov a ľudského pitevného materiálu a ani trnavská mestská nemocnica nevyhovovala pre klinickú prax poslucháčov -„praxim medicam“. Mestská nemocnica začala vyhovovať až roku 1775. Nedostatok pitevného materiálu sa tiež vyriešil. Univerzita mala požiadať Bratislavskú a Nitriansku stolicu o odovzdávanie tiel popravených zločincov. K lekárskej fakulte patrila aj botanická záhrada, o ktorú sa staral profesor botaniky a chémie Jakub Winterl.
Profesor Plenck pri svojej katedre -chirurgia a pôrodníctvo- zriadil samostatnú knižnicu s knihami z odboru chirurgie a príbuzných vied, odboru pôrodníctva, zubného a očného lekárstva.
Bola to prvá lekárska fakulta v strednej Európe a vyšli z nej mnohí odborníci. Napr.: Jakub Reineggs bol v rokoch 1778-1781 osobným lekárom gruzínskeho kráľa Herakleita II., prof. chirurgie a očného lekárstva J.J. Plenck vydal roku 1777 dielo O očných chorobách -„De morbis oculorum“, ktoré bolo preložené do nemčiny, holandčiny a čínštiny.

Národnostná otázka na TU
Po národnostnej stránke , ako vieme z univerzitných matrík, na TU študovala skoro vždy slovanská národnosť, ktorá bola najpočetnejšie zastúpená Slovákmi. Príslušníci uhorských národov boli v matrikách zapísaní: Germanus - Nemec, Croata - Chorvát, Ruthenus - Rusín, Polonus - Poliak, Ungarus - Maďar, Slavus - Slovák (od 60. rokov v 17. stor. aj termín Pannon). Cudzinci boli označovaný názvom krajiny pôvodu (Moravus, Silesius, ...).
Na univerzite pôsobilo aj mnoho profesorov slovenského pôvodu. Branislavovi Varsikovi sa podarilo zistiť, že 75 profesorov TU bolo slovenského pôvodu- v trienálnych katalógoch jezuitov a matrikách jezuitského kolégia boli zapísaní ako Slavus- a nevedeli dobre hovoriť inou rečou ako slovenčinou a latinčinou. O ďalších 29 profesoroch sa dá usúdiť, že boli slovenského pôvodu podľa rodiska, alebo zapísanej slovenskej národnosti ich príbuzných.
Vyučovacím jazykom na Trnavskej univerzite počas celej jej existencie v Trnave - 1635-1777 - bola latinčina.
Univerzita bola založená pre všetkých bez ohľadu na národnosť a to, že tu prevažovali Slováci bol len prirodzený dôsledok prostredia, v ktorom TU vznikla.

Slovenčina na TU
Kultúrna západoslovenčina, ktorá sa rozvíjala najmä vďaka univerzite bola v tom čase považovaná za slovenského reprezentanta medzi štyrmi krajinskými rečami, ktoré uznával aj cisársky dvor a Uhorská miestodržiteľská rada.
V kultúrnej západoslovenčine boli vydané napr. aj Slovenské verše -„Werse Slowenské od Petra Benického (1652, Univerzitná tlačiareň). Univerzitná tlačiareň vydala latinskú prácu bakalára Mikuláša z Domaniže Zaujímavý spis o slovenskej reči. Dokonca v roku 1665 sa ostrihomský kanonik, neskorší Nitriansky biskup Juraj Haška snažil vytvoriť na TU katedru slovenčiny -„catedram Slavonicam Tyrnaviensem“. Jeho žiadosť však bola zamietnutá ostrihomským arcibiskupom.
Prítomnosť univerzity v slovenskom prostredí vedome, či nevedome formovala slovenský jazyk a pripravila živnú pôdu kodifikácii prvého spisovného slovenského jazyka (A. Bernolák, 1787), ktorý bol založený práve na princípoch reči univerzitných vzdelancov.