História na TU
O systéme a organizovaných prednáškach z história nemožno hovoriť až do roku 1735, keď vyšla „Iustitio humanistica“.
Prof. Gabriel Hevenesi (1656-1717) začal s výskumnými historickými prácami za podpory habsburského dvora. Zachoval sa rukopis jeho veľkolepého projektu „Modus materiae conquirendae pro annalibus ecclesiasticis regni hungariae constinuandis“- Spôsob získavania podkladov pre cirkevné dejiny Uhorského kráľovstva. Vyučovanie história (všeobecné dejiny) ako osobitného predmetu bolo na TU zavedené až nariadením „Norma studiorum „ z októbra 1770. História nemala vlastnú katedru a až do roku 1774 bola spojená s rétorikou. V tomto roku -1774- sa história osamostatnila. Vedúcim katedry bol prof. Katona. Už do roku 1770 prednášal históriu (i rétoriku) a mal prednášať aj Pomocné vedy historické. Vydal 42 zväzkov diela „Historica critica regum“.
18. storočie sa stalo na Trnavskej univerzite obdobím veľkého rozkvetu historiografie.

Vzťah univerzity a mesta
Pokiaľ nebola roku 1635 v Trnave založená univerzita, hovorí sa o Trnave ako o vidieckom meste. Po príchode univerzity tu nastal čulý ruch a Trnava sa v 17. a 18. stor. stala jedným z najvýznamnejších centier kultúrneho života Slovákov a preslávila sa v celej Európe. Trnava bola ako jediné uhorské univerzitné mesto nazývaná domovom Pallas Atény, sídlom múz, Aténami v Uhorsku.
Univerzita mala s pridruženými inštitúciami okolo 1000 osôb. Bola však exteritoriálnou enklávou, ktorá mala vlastnú samosprávu a vlastné zdroje príjmov, a teda bola politicky a ekonomicky úplne nezávislá. Na vývoj mesta však istý vplyv mala. Výstavba a rekonštrukcie univerzitných budov nielenže mesto skrášlili, ale poskytli obyvateľom zamestnanie, aj keď nie pravidelné. Väčšina záhrad v Trnave bola majetkom jezuitov a tie boli prístupné všetkým. Študenti, hlavne tí zámožnejší boli vítaní u miestnych remeselníkov, obchodníkov, vinárov a krčmárov. Zvýšila sa tu životná úroveň.
Mesto si však až neskoro uvedomilo, čo získalo príchodom univerzity. Vzťahy medzi Trnavou a TU boli často narúšané sporom o súdnu právomoc nad študentmi -„ius academium“. Bojovať o univerzitu začali až keď už bolo definitívne rozhodnuté o jej presídlení do Budína. Čiastočná náhrada za univerzitu -kráľovská akadémia tu dlho tiež neostala a Trnava sa znovu pomaly stala ospalým vidieckym mestečkom.

Spor o „ius academicum“
Spor mesta a TU o súdnu právomoc nad študentmi v kriminálnych veciach -„ius academicum“ sa dal predpokladať, lebo P. Pázmanyi túto otázku nezakotvil v zakladacej listine.
Isté usmernenie však bolo zo strany cisára Ferdinanda II. v Zlatej bule z 18. októbra 1635, v ktorej dal univerzite výsady iných univerzít v Rímskej ríši a jej provinciách. Mesto Trnava sa však odvolávalo na Zlatú bulu Bela IV. z roku 1238, teda, že ich privilégiá sú omnoho staršie. Univerzita namietala aj tým, že tu študujú najmä šľachtici a mestské právo nie je nadradené nad šľachtickým. Tento spor sa niekoľko krát riešil, ale aj po víťazstve TU v roku 1692 mesto v menšom, či väčšom rozsahu práva univerzity porušovalo. Pri riešení sporu bol často potrebný i priamy zásah cisára. To však mešťanom nezabránilo v tom, aby neustále porušovali jeho nariadenia odvolávajúc sa na svoje práva a privilégiá, čím si znepriatelili všetky vrchnosti. Až neskoro si uvedomili význam univerzity pre mesto.
Pr.: 1726 - študenti tasili kordy aby oslobodili poddaného -príbuzného jedného z nich-, ktorého drábi viedli do väzenia. Všetko sa skomplikovalo, tak, že večer sa už bilo celé mesto a nik nevedel prečo. Vyšetrovanie, ktoré viedol dekan filozofickej fakulty F. Roys sa skončilo fiaskom.