Seminár sv. Štefana – Stefaneum
P. Pázmanyi ho založil roku 1630. Seminár pokračoval v tradícii Oláhovho semináru (1560, pri farskom kostole) . Sídlil na viacerých miestach ale až roku 1724 mu bola postavená baroková budova. Nad vstupným portálom je starší figurálny reliéf zo 17. stor.
Môžeme ho nájsť na Halenárskej ulici č. 1 a sídlil v ňom detský domov.

Šľachtický konvikt – „Convictus nobilium“
Zakladacia listina tohto konviktu bola vydaná 20. augusta 1624 P. Pázmanyiom. V rokoch 1747-1754 bola stará budova nahradená rozsiahlou novostavbou v barokovom slohu (baroková palácová stavba).
„Na chodbách, schodoch a v refektári sa nachádza rokoková štuková výzdoba, v 8-bokej kaplnke sv. Jána Evanjelistu stropná freska -Apokalypsa od Vavrinca Mussingera z roku 1758 a nástenné maľby.“
Je na ulici J. Hollého č. 10, voľakedy tu boli kasárne ale v súčasnosti ho obýva arcibiskupský úrad.

Lekárska fakulta
Jej budova bola postavená ako posledná z univerzitných budov v rokoch 1770-1772 podľa projektu S. A. Hillebrandta. Je to klasicistická 2-podlažná budova. Už v máji 1772 tu bolo možné prednášať. Bolo tu aj chemické laboratórium. Po preložení univerzity do Budína roku 1777 v nej sídlila do roku 1784 Kráľovská akadémia.
Nachádza sa na Univerzitnom námestí a v súčasnej dobe je sídlom Fakulty zdravotníctva a sociálnej práce (obnovenej) TU.

Observatórium
So stavbou astrornomického observatória podľa plánu Maximiliána Hella sa začalo 12. februára 1753 a dokončené bolo už roku 1755.
Pozorovaciu činnosť zahájil roku 1756 prof. František Weiss.
Jeho budova má 5 podlaží. V prízemí boli chemické laboratóriá, nad nimi fyzikálne zbierky. Na ďalšom poschodí boli astronomické zbierky a prístroje a nad nimi izby astronómov. Štvrté poschodie tvorila jedna veľká miestnosť s 10 veľkými oknami do všetkých svetových strán. Tu bola väčšina prístrojov a pozorovalo sa otvorenými oknami a treba ju chápať ako vlastné observatórium. Točitými schodmi sa dalo dostať na strešnú plošinu. V podzemnej časti budovy bola ešte miestnosť s baroskopom a termoskopom.
Hlavne vďaka prof. Weissovi bolo observatórium počas celého svojho pôsobenia v Trnave dobre vybavené a moderné.

Knižnica
Univerzitná knižnica vznikla roku 1635 z fondov jezuitského kolégia. Podľa katalógu mala vo svojich fondoch viac ako 16 000 kníh, vrátane mnohých inkunábul a rukopisov.
Sídlila v budove, ktorú dal postaviť arcibiskup František Forgách roku 1615 severne od arcibiskupského domu. Po vybudovaní severného, tzv. sedmohradského traktu roku 1695 v areáli univerzitných budov sem bola premiestnená. Nachádzala sa na poschodí, kde bola aj miestnosť pre čitateľov a izba – pracovňa správcu knižnice. Na čele knižnice stál prefekt- správca a pomáhal mu pridelený študent filozofickej alebo teologickej fakulty – pomocník. Od roku 1773 bola otvorená aj verejnosti.
Po premiestnení univerzity do Budína ostala časť fondov na Slovensku (pr.: roku 1919 prešla takmer 1/3 fondov pod Univerzitnú knižnicu v Bratislave a stále je jej súčasťou).

Botanická záhrada
Za účelom botanickej záhrady bola 2. augusta 1771 odkúpená záhrada medzi mestským pivovarom a lazaretom. Do septembra toho roku nemala studňu, skleník a nebola ani ohradená. Staral sa o ňu prof. chémie a botaniky Jakub Winterl s rodinou a žiakmi. Podarilo sa mu založiť botanickú záhradu s veľkým sortimentom rastlín, najmä liečivých.
V septembri roku 1774 kráľovská komisia zistila, že pre neprimeranú akosť pôdy a nedostatok zavlažovacích možností je stále nevhodná. Na jeseň roku 1775 získala lekárska fakulta pre botanickú záhadu 3900m2 z bývalej jezuitskej záhrady Stelly a sem bolo prenesených 950 druhov rastlín.

Záver
Trnavská univerzita mala v dejinách Slovenska veľký význam nielen tým, že zvýšila vzdelanosť ale aj tým, že zväčšila slovenské národné povedomie. Slovensko a najmä Trnava sa ňou zviditeľnila v takmer celej Európe.
Zvýšením vzdelanosti a národného povedomia sa vyvíjal aj slovenský jazyk , ktorý sa stal základom prvého slovenského spisovného jazyka. Za skoro 150 ročné pôsobenie v Trnave z nej vyšlo mnoho odborníkov rôznych národností na rôzne oblasti a ich vedomosti boli vysoko hodnotené a cenené aj v zahraničí.
Po preložení univerzity do Budína, akoby Trnava opäť upadla do tmy a Slovensko zase na čas stratilo svoje kultúrne a vzdelanostné centrum. Roku 1992 bola TU v Trnave obnovená a nadviazala na kresťanské a morálne zásady prvej univerzity.