Bratislava po bitke pri Moháči

Nečakaný obrat v histórii mesta prinieslo 16. storočie, kedy v tragickej bitke s Turkami pri Moháči v roku 1526 zahynul uhorský kráľ Ľudovít II a za nového kráľa bol napriek protikandidátovi Jánovi Zápoľskému a odporu časti uhorskej šľachty zvolený na zasadnutí v bratislavskom františkánskom kostole Ferdinand Habsburský. Turci postupovali rýchlo dovnútra krajiny a uhorská šľachta sa zachraňovala útekom na terajšie územie Slovenska, kam sa sťahovali i krajinské úrady. V roku 1530 ohrozovali Turci Bratislavu, poškodili ju delostreľbou a preto bolo roku 1531 nariadené mestskou radou zbúrať kostoly a iné kamenné stavby mimo hradieb, aby ich Turci nemohli využiť pri obliehaní mesta.

Stav Uhorska po moháčskej bitke bol pre Bratislavu šťastím. Po obsadení hlavného mesta Budína hľadala uhorská šľachta, svetskí aj cirkevní hodnostári útočisko čo najbližšie k Viedni, kde sídlil kráľ Ferdinand. Výhodná poloha a pevné opevnenie Bratislavy rozhodli o tom, že sa stala hlavným mestom Uhorska. Rozhodol o tom uhorský snem na svojom zasadnutí roku 1536. Mesto obchodníkov, remeselníkov a vinohradníkov sa stalo sídelným mestom krajiny, sídlom panstva a cirkvi. Bratislava sa stala snemovým mestom kráľovstva a korunovačným mestom uhorských kráľov, sídlom kráľa, arcibiskupa a najdôležitejších inštitúcií krajiny. V rokoch 1536-1830 bolo v Dóme sv. Martina korunovaných 11 kráľov a kráľovien.

Bratislava a protihabsburgské povstania

V druhej polovici 16. storočia prenikol z nemeckých krajín do Uhorska protestantizmus. V Bratislave, ktorá bola prevažne nemecká, sa myšlienky reformácie rozšírili veľmi rýchlo. Po vydaní privilégia kráľa Maximiliána II. v roku 1564, ktorým povolil prijímanie pod obojím, prešla väčšina bratislavských mešťanov na evanjelickú vieru.

V 17. storočí prežívala Bratislava jedno z najťažších období svojej histórie. Za stavovských povstaní uhorskej šľachty proti Habsburgovcom ju viac ráz obsadili a vydrancovali vojská bojujúcich strán, poškodili ju viaceré požiare a iné živelné pohromy, niekoľkokrát zasiahla mesto morová epidémia. Rekatolizácia, ktorá sa začala v roku 1600 za vlády Rudolfa II poznačila Bratislavu neutíchajúcimi protihabsburskými povstaniami, pričom naďalej pokračovali aj vojny s Turkami.
Z protihabsburských povstaní Bratislavu najviac zasiahlo povstanie sedmohradského kniežaťa Gabriela Betlena. Betlen v rokoch 1619-1621 držal mesto vo svojej moci. Jeho povstanie bolo ukončené roku 1626 mierom podpísaným v Bratislave.

Bratislavskí evanjelici presadili stavbu dvoch evanjelických kostolov - nemeckého (1636-1638) a slovensko-maďarského (1640).
Ďalšie stavovské povstania a zostrenie rekatolizácie nepriaznivo vplývali na rozvoj Bratislavy. Evanjelici museli odovzdať obidva svoje kostoly - nemecký jezuitom, slovensko-maďarský uršulínkam a mierne uvoľnenie rekatolizačného tlaku nastalo až po porážke Turkov roku 1683, kedy si evanjelici mohli postaviť dva nové kostoly a vlastnú evanjelickú strednú školu - lýceum.

Bratislava za vlády Márie Terézie a Jozefa II.

V 18. storočí sa Bratislava stala nielen najväčším a najvýznamnejším mestom Slovenska, ale i celého Uhorska. V tomto storočí sa postavilo veľa honosných palácov uhorskej aristokracie, stavali sa kostoly, kláštory a iné cirkevné budovy, prestaval a rozšíril sa hrad, vyrástli celé nové ulice a počet obyvateľov sa strojnásobil. Konali sa tu zasadania stavovského snemu, korunovácie kráľov a kráľovien, pulzoval tu čulý kultúrny a spoločenský život.

Obdobie najväčšieho rozvoja mesta predstavuje doba vlády Márie Terézie (1740-1780). Od jej nástupu začala riadiť stavebný vývoj v meste stavebná kancelária Uhorskej kráľovskej komory, ktorá riadila najmä stavbu erárnych budov (palác Uhorskej kráľovskej komory, Vodná kasáreň, a i.). Hrade sa stal reprezentačným kráľovským sídlom (resp. jeho uhorského miestodržiteľa) a strediskom spoločenského a politického života na najvyššej úrovni. V roku 1775 nariadila Mária Terézia zbúrať mestské hradby a brány a zasypať širokú vodnú priekopu, ktorá obkolesovala mesto. Vznikol tak priestor pre ďalšiu výstavbu palácov a na mieste vodnej priekopy medzi Vydrickou a Rybárskou bránou vznikla promenáda, na konci ktorej pred Rybárskou bránou bolo v roku 1776 postavené Mestské divadlo. Novotou v architektonickom rozvoji mesta bola aj stavba letných palácov s okrasnými záhradami na okraji mesta.

Vláda Jozefa II. znamenala pre Bratislavu ústup zo slávy. Bratislava prestala byť hlavným mestom Uhorska a na Jozefov príkaz sa roku 1783 odsťahovala do Budína Miestodržiteľská rada a iné centrálne úrady a 13. mája 1783 odviezli do Viedne aj kráľovskú korunu stráženú dovtedy na Bratislavskom hrade, čo vyvolalo masový odchod šľachty z mesta. Bratislava sa z hlavého mesta krajiny premenila na provinčné mesto. Bratislavu zasiahli aj Jozefove reformy. Zrušených bolo niekoľko cirkevných rádov sídliacich v meste, ich majetky boli rozpredané a budovy kláštorov premenené na školy a nemocnice. Jozef II. zriadil v Bratislave Generálny seminár pre výchovu kňazského dorastu, ktorý bol umiestnený na Bratislavskom hrade prestavanom na tento účel. Tu študoval aj Anton Bernolák a mnohí ďalší významní osvietenskí vzdelanci.