Úsilie ochrániť dobyté územia viedlo k utvoreniu administratívnej únie, exarchátov. (Zvlášť Ravenna a Kartágo.) Takto sa zrodil nový systém štátnej správy, uplatnený neskôr vo veľkom rozsahu. Zbedačovanie ľudu, zapríčinené ťažkými daňami, ktoré sa ukladali na vojnové účely, oslabovanie armády, ako aj pokusy vytlačiť Peržanov, Slovanov a Avarov vytvárali medzi obyvateľmi pocit neistoty. Vznikali konflikty medzi sociálnymi triedami, medzi ľudom a ústrednou mocou. Ríša nevládala čeliť tejto situácii, ktorá zasiahla aj východné provincie.

Taká situácia trvala až dovtedy , kým nenastúpil na trón kartáginský exarcha Herakleios (610-641). Vlasť a náboženstvo vždy boli základom teokratického štátu. Gréčtina bola uznávaná za úradnú reč. Aby Herakleios mohol čeliť nepriateľovi, obnovil vnútorný poriadok a vytvoril nové administratívne obvody - témy. Táto reforma posilnila drobných roľníkov, umožnila zbaviť sa cudzích žoldnierov a zároveň podporila hospodárstvo. Noví správcovia boli nútení sami sa postarať o výživu a vyzbrojenie svojho tému. K prestavbe provinčnej správy sa pridala reforma ústrednej správy a utvorili sa nové funkcie s rozsiahlejšími právomocami.
Po týchto reformách Byzantínci zaútočili r. 622 na „neveriacich“ Peržanov (pre Byzantíncov boli nekresťania „neveriaci“ alebo „barbari“). Pre nich to bola náboženská vojna – mohli by sme ich pokladať aj za predchodcov križiakov. Po šiestich rokoch boli Peržania donútení vrátiť Byzancii Arménsko, Sýriu, Palestínu, Egypt a Mezopotámiu.

R. 626 sa Avari pokúsili obkľúčiť Konštantínopol, ale ich nápor trval krátko. Tento neúspech navždy zlomil ich nadvládu, povzbudil slovanské kmene, aby zvrhli svoje jarmo a dožadovali sa zvrchovaných práv na Balkáne.
No skutočné nebezpečenstvo hrozilo od Arabov, ktorí sa zorganizovali r. 622 (rok hidžry – úteku). Hidžra, začiatok moslimského letopočtu, bol začiatkom šírenia islamu. Prorok Mohamed vtedy položil základy moslimskej spoločnosti, skoncoval s primitívnym kmeňovým zriadením Arabov a zaviedol namiesto toho politickú jednotu. Ich hospodársky a sociálny rozvoj bol rovnako nepravidelný ako prírodný charakter ich územia.

Arabské výboje proti Byzancii a Perzii sa začali po smrti Mohameda. Arabi boli nesmierne expanzívni. Zmocnili sa Sýrie, Mezopotámie a Egypta. Byzancia bola vyčerpaná vojnami a Arabi sa zjednocovali na základe svojho náboženstva. Ľud na územiach, ktoré si podmanili, ich pokladal za osloboditeľov spod byzantského útlaku. O niečo neskôr arabské vojnové loďstvo, ktoré začali budovať r. 649, ohrozovalo nadvládu byzantského loďstva vo východnej časti Stredozemného mora.
R. 626 prišli Bulhari, pochádzajúci zo strednej Ázie. Pod vedením Kuvrata zlomili avarské jarmo a založili si svoje kráľovstvo medzi riekou Kubán a Azovským morom. Turci Chazari si r. 679 podmanili časť bulharského ľudu. Zvyšok sa pod vedením Asparucha vysťahoval a usadil sa r. 631 v dolnej Mezii medzi Dunajom a pohorím Balkán. Nové bulharské kráľovstvo bolo súčasťou územia Byzantskej ríše, ktorej administratívne podliehalo.