O dva roky neskôr sa stal manažérom tímu Uli Hoeness – mal iba 27 rokov. Nahradil Roberta Schwana. Pál Csernai sa stal trénerom keď vo funkcii nahradil Gyulu Loranta. Prezidentom klubu sa stal Willi O. Hoffman. Najlepšie časy však boli dávno preč.

V roku 1980 sa už výrazne presadzovala dvojica hráčov – Paul Breitner a Karl-Heinz Rummenigge, ktorí si vyslúžili prezývku „FC Breitnigge.“ Bayern získal aj vďaka týmto hviezdam svoj prvý titul po šiestich rokoch. O rok neskôr sa trofej do Mníchova vrátila, keď sa na ďalších miestach tabuľky umiestnili HSV, Stuttgart a Kaiserslautern.

V roku 1982 sa zrodilo legendárne víťazstvo Bayernu Mníchov v Nemeckom pohári. Bavori v prvom zápase podľahli Nurnbergu 0:2, potom však zvíťazili 4:2 a tešili sa z trofeje. Dieter Hoeness sa počas zápasu zranil – no s krvácajúcou a zabandážovanou hlavou dokázal napriek tomu skórovať! V Pohári európskych majstrov sa však Bayernu v roku 1982 až tak nedarilo - vyradila ho anglická Aston Villa.

Nasledovali majstrovstvá sveta vo futbale, ktoré sa konali v Španielsku. Nemecká reprezentácia podľahla vo finále Taliansku, no do dejín sa zapísal Paul Breitner. Tomuto hráčovi sa podarilo skórovať vo finále dvoch majstrovstiev sveta.

Úspechy Bayernu Mníchov z posledných sezón nezostali nepovšimnuté. V období rokov 1965 – 1981 sa stal futbalistom Nemecka až 11x hráč Bayernu – 4x Beckenbauer, 3x Maier, 2x Müller, raz Rummenigge a Breitner.

V roku 1983 sa na lavičku mníchovského veľkoklubu vrátil Udo Lattek. O rok neskôr získal Bayern ďalší titul v domácom pohári, keď vo finále porazil Monchengladbach až po penaltovom rozstrele. Poslednú penaltu za Gladbach zahodil Lothar Matthäus, ktorý následne prestúpil do bavorského tímu. Rummenigge prestúpil do Interu Miláno za v tom čase rekordných 11 miliónov mariek!

O rok neskôr (1985/86) prišli do Bayernu ďalší noví hráči - Sören Lerby a Wiggerl Kögl. Aj vďaka ním získal klub svoj ďalší domáci titul. Trénerom tímu sa stal Fritz Scherer, ktorý svojich zverencov priviedol k titulu i v roku 1987. Tentoraz sa Bayernu darilo pomerne slušne i v Pohári európskych majstrov, keď klub postúpil až do viedenského finále, ktoré sa konalo 27. mája 1987. Tam ho čakalo FC Porto, ktorému Nemci podľahli 1:2...

Potom prišiel do tímu Jupp Heynckes, ktorý dostal za úlohu prebudovať káder. Z Mníchova odišli hráči ako Matthäus, Brehme, Eder, Hughes, Michael Rummenigge či Pfaff. Zaujímavé však bolo, že aj napriek takémuto oslabeniu získal Mníchov domáce tituly v rokoch 1989 i 1990. Európsky úspech sa však Bayernu naďalej vyhýbal. Na majstrovstvách sveta v roku 1990 tvorila základ úspešného nemeckého kolektívu šestica hráčov Bayernu – Augenthaler, Reuter, Thon, Kohler, Pflügler a Aumann. Nemecko získalo titul aj vďaka štvrťfinálovému víťazstvu 1:0 nad Československom, keď rozhodujúci gól strelil zo spornej penalty Matthäus.

1991-1999: V ústrety novému miléniu

Jupp Heynckes skončil na svojom poste v sezóne 1991/92 a bol nahradený Sörenom Lerbym. Bayern sa však nedokázal spamätať a dokonca bol vážne ohrozený možnosťou zostupu. Na miesto trénera bol teda dosadený Erich Ribbeck. Svoju pomoc v ťažkom období klubu ponúkli Franz Beckenbauer a Karl-Heinz Rummenigge, ktorí sa stali viceprezidentmi bavorského veľkoklubu. V sezóne 1993/94 nastúpil na miesto nie príliš šťastného Ribbecka „Kaiser“ Franz a Bayern Mníchov priviedol k nemeckému titulu.

Potom prišla éra Giovanního Trapattoniho, ktorý bol medzi hráčmi veľmi obľúbený. V láske ho mali aj médiá, no Bayernu nepriniesol požadovaný úspech. V sezóne 1994/95 skončil Bayern pod jeho vedením až na šiestom mieste v domácej súťaži a v Lige majstrov podľahol Ajaxu Amsterdam v semifinále. Vedenie vycítilo, že ani tento tréner žiadne zázraky nespraví a vymenilo ho za Otta Rehhagela, s ktorým prišli hviezdy ako Klinsmann, Herzog či Sforza.

Ani tomu sa však nedarilo a v druhej polovici sezóny odišiel napriek tomu, že Bayernu sa darilo v Pohári UEFA, kde sa nakoniec prepracoval až do finále. Veľmi kvalitné súboje zvádzal mníchovský tím v semifinále s Barcelonou. Doma najprv remizoval 2:2 aby na Nou Campe zvíťazil po góloch Babbela a Witeczeka 2:1! Stalo sa tak 16. apríla 1996.

Prišlo slávne finále, v ktorom na Bayern čakal Girondins Bordeaux. Nemecký veľkoklub bol úspešnejší a po víťazstvách 2:0 a 3:1 sa mohol tešiť z cennej trofeje. Pohár UEFA putoval do jeho vitríny vôbec prvýkrát...

Ku klubu sa vrátil Giovanni Trapattoni a tentoraz sa mu už darilo. V prvých dvoch sezónach pri tíme získal dva cenné tituly – domáci v Bundeslige v roku 1997 a v domácom pohári o rok neskôr. Keď však Maestro odišiel, celé mesto smútilo. Svojim správaním a prístupom si získal srdcia všetkých fanúšikov, ktorí naňho nikdy nezabudli.

Jeho nástupcom sa stal Ottmar Hitzfeld, ktorý zažil takmer perfektný úvodný rok. Získal domáci titul, ktorý bol pre Bayern už pätnásty! Okrem toho sa dostal až do finále domáceho pohára a rovnako aj do finále Ligy majstrov. V nej však prišlo veľké sklamanie, ktoré sa nedá len tak ľahko stráviť. Nad svojim finálovým súperom Manchestrom United viedol Bayern až do poslednej minúty riadnej hracej doby po góle Baslera 1:0. Potom však prišiel šok – v krátkom časovom rozpätí skóroval Sheringham i Solskjaer a bolo po radosti – najprestížnejší európsky klubový titul putoval do Manchestru. Koniec tisícročia bol teda pre Bayern ako vystrihnutý zo zlej knižky.

2000 – 2004: Emócie, dráma a sláva

Po spomínanom neúspechu s Manchestrom United v roku 1999 sa klub rýchlo skonsolidoval a okolo Olivera Kahna, Stefana Effenberga či Giovane Elbera poskladal perfektný tím, ktorý začal hromadiť úspechy.

Na nemeckých šampiónov sa v sezóne 99/00 nechytal ani veľký Real Madrid, ktorý v dvojzápase v skupine Ligy majstrov inkasoval 8 gólov! Doma Bayernu podľahol 2:4, vonku potom 1:4! Neskôr sa však oba tímy stretli v semifinále a Real sa Mníchovu dokonale pomstil. Po domácom víťazstve 2:0 prehral na ihrisku súpera 1:2 no postúpil. Mníchovčania boli sklamaní.

V tej istej sezóne hral Bayern kvalitne aj v domácej súťaži. Do posledného kola Bundesligy však vstupoval s minimálnou stratou na Bayer Leverkusen, ktorý si mohol titul zaistiť vďaka očakávanému víťazstvu v Unterhachingu. Leverkusen ale nečakane zakopol a Bayern sa mohol tešiť z ďalšieho majstrovského titulu. O týždeň na to hrali mníchovčania finále domáceho pohára, v ktorom zdolali Werder Brémy 3:0 a na svoje konto si pripísali tretie domáce double v histórii. Hráčom Nemecka sezóny 1999/2000 bol vyhlásený Oliver Kahn.

To najlepšie však na červených ešte len čakalo... Prišla sezóna 2000/2001 a s ňou aj množstvo úspechov. Ročník sa začal veľmi zle, pretože Bayern vypadol hneď v úvodnom kole domáceho pohára s nenasadeným Magdeburgom. V Bundeslige však dominoval a získal domáci titul – aj tentoraz však na poslednú chvíľu. Patrik Andersson skóroval z priameho kopu v nastavenom čase posledného zápasu! Vďaka tomuto zásahu remizoval Bayern s Hamburgom a v konečnom poradí predstihol Schalke 04, ktorá už v podstate oslavovala titul. Svoj zápas odohrala o pár minút skôr a jej fanúšikovia mysleli, že Bayern prehral – oslavovali však len 4 minúty, potom prišlo trpké vytriezvenie...

Mníchov postúpil až do finále Ligy majstrov, kde ho 23. mája 2001 čakala španielska Valencia. Bayern mal za sebou niekoľko náročných zápasov – vo štvrťfinále vyradil Manchester, v semifinále Real... Hrdinom finále sa nakoniec stal Olli Kahn, ktorý zlikvidoval tri penalty v rozhodujúcom rozstrele. Bayern Mníchov teda získal svoj štvrtý titul európskych šampiónov, na ktorý čakal 25 rokov...

Sezóna 2001/2002 znamenala ústup z pozícií – Bayern však celkom bez titulu neostal. V domácej lige skončili pred Bayernom kluby z Dortmundu i Leverkusenu, v pohári bola nad sily červených Schalke 04. V prospech Mníchova sa však skončil zápas o Interkontinentálny pohár. Po góle Sammyho Kuffoura zvíťazili Bavori v novembri 2001 nad Bocou Juniors 1:0. V Lige majstrov bolo pre Bayern konečnou stanicou štvrťfinále, kde Nemci nestačili na Real Madrid.

Najúspešnejší nemecký klub histórie zabral v Bundeslige hneď o rok neskôr, keď v nej dominoval o neuveriteľných 16 bodov pred Stuttgartom. Bayern sa dokonale sústredil aj na Pohár DFB, v ktorého finále nakoniec triumfoval nad Kaiserslauternom 3:1. Hrdinom sezóny bol Michael Ballack, ktorý plne nahradil Stefana Effenberga a stal sa nemeckým hráčom roka. Bayern získal štvrté double.

Čiernou škvrnou posledných rokov bolo skoré vypadnutie Bayernu v Lige majstrov 2002/2003. Mníchovčania nestačili na La Coruňu, keď ich vyradil chladnokrvný Roy Makaay. Malo to však aj svoje pozitíva – vedenie Bayernu si tohto talentovaného hráča okamžite všimlo a prilákalo do svojich služieb.

V doposiaľ poslednom ročníku Ligy majstrov 2003/2004 bolo pre Bayern konečnou stanicou osemfinále. Nemci nemali šťastie a dostali silného súpera – Real Madrid. Po domácej remíze 1:1 prehrali na ihrisku svojho súpera 0:1 a s pohárovou Európou sa rozlúčili.

Oveľa lepšie to pre Bayern nebolo ani v domácej Bundeslige – klub nazbieral 68 bodov, no na majstrovské Brémy ich napriek tomu stratil šesť. V Pohári DFB Mníchov stroskotal na druholigovom tíme Alemannia Aachen, ktorému vo štvrťfinále podľahol 1:2.

Po sezóne 2003/2004 došlo v Bayerne k výmene trénera - na tento post bol dosadený Felix Magath.

Medzi najväčšie hviezdy súčasného kádra Bayernu patria nepochybne mená ako Kahn, Sagnol, Kuffour, Kovač, Linke, Scholl, Frings, Zé Roberto, Ballack, Jeremies, Salihamidžič, Hargreaves, Deisler, Makaay, Pizarro, Zickler či Santa Cruz.

Na oficiálnej internetovej stránke Bayernu Mníchov sa nachádza i Sieň slávy bavorského veľkoklubu, do ktorej sú zaradení: Franz Beckenbauer, Gerd Muller, Sepp Maier, Uli Hoeness, Karl-Heinz Rummenigge, Lothar Matthäus, Stefan Effenberg, Giovanne Elber, Roland Wohlfahrt, Klaus Augenthaler, Dieter Hoeness, Paul Breitner a Hans-Georg Schwarzenbeck.