Pred prerušením ligy sa odohral ešte jeden významný duel. Manchester United hostil Liverpool a v domácom prostredí zvíťazil 2:0. Rozhodca však po zápase podal protest a povedal, že zápas bol zmanipulovaný. Hráči vtedy mimoriadne silného Liverpoolu vraj vôbec nemali záujem hrať a svojmu súperovi body pustili. Okrem iného smiešnym spôsobom zahodili jedenástku. Neskôr vysvitlo, že na tento zápas bolo prijatých veľmi veľa stávok a zrejme šlo o podvod veľkých rozmerov. Na United totiž stavilo 7x toľko ľudí ako na Liverpool! Vyšetrovanie usúdilo, že vinní boli z domáceho tímu hráči Turnbull, West a Whalley, z hosťujúceho Sheldon, Miller, Fairfoul a Purcell. Všetci dostali doživotný dištanc! West proti tomuto protestoval, no FA mu dištanc zrušila až v roku 1945, keď bol z neho starý pán! Manchester United mal v sezóne 1914/1915 veľa starostí so záchranou, nakoniec sa v lige udržal s náskokom dvoch bodov pred prvým vypadávajúcim.

Priateľské zápasy sa uskutočňovali aj počas vojny. Súpermi Manchestru United boli tímy ako Everton, Liverpool, Manchester City či Stockport County. Problémom však boli mimoriadne nízke návštevnosti, ktoré sa v niektorých prípadoch pohybovali okolo 500 divákov.

Po skončení vojny Manchester United vôbec nepripomínal mužstvo zo začiatku 10-tych rokov 20. storočia. Veľa hráčov z tímu odišlo – medzi nimi i Billy Meredith. Jeden z potrestaných – Sandy Turnbull počas vojny zahynul v bojoch. Novým trénerom sa stal John Robson, ktorý sa pokúsil o zázrak s mladými chlapcami a niekoľkými vyslúžilcami. Tím síce nebojoval o titul a ani nepostúpil ďaleko v pohári, no skončil na slušnom dvanástom mieste. Diváci sa vrátili na štadióny – v roku 1920 bola priemerná ligová návšteva 22 000, na domácich zápasoch United dokonca 30 000. Najviac divákov, presne 70 504, bolo zvedavých na zápas United s Aston Villou, ktorý sa uskutočnil 27. decembra 1920. V tomto ročníku skončil nakoniec Manchester na trinástom mieste. Horšie to bolo o rok neskôr, keď United získali iba 28 bodov a zostúpili do druhej divízie. Jedinou hviezdou tímu bol v tomto období Joe Spence, ktorý ostal na Old Trafforde až do júna 1933, keď prestúpil do Bradford City. Za svoj klub odohral 510 zápasov! Tento rekord prekonal až o 40 rokov neskôr Bill Foukes.

V druhej divízii to United nemali vôbec ľahké. Postúpiť do prvej ligy sa im podarilo až na tretí pokus, keď najprv obsadili štvrté, potom štrnáste a až do tretice druhé postupové miesto. Stalo sa tak v sezóne 1924/25.

20. septembra 1926 sa začal zvláštny proces. FA začala vyšetrovať vraj nelegálne praktiky tímu Manchester United. Do dnešného dňa sa však nevie, čo sa vlastne vyšetrovalo! Výsledok bol však taký, že tréner United John Chapman bol nútený skončiť s futbalom! O tomto rokovaní sa verejnosť nikdy nič podrobnejšie nedozvedela. Na Chapmanovo miesto nastúpil Clarence Hilditch, ktorý bol ešte aktívnym hráčom. Až dodnes je Hilditch jediným hráčom United, ktorý bol súčasne trénerom a nastupoval aj v zápasoch. Nahradený bol o sedem mesiacov neskôr Herbertom Bamlettom – teda známym rozhodcom, ktorý rozhodoval napríklad finále FA Cupu 1915.

Tento človek však klubu neprospel a United sa začali potácať na úplnom dne ligovej tabuľky. Tímy však boli v tom období mimoriadne vyrovnané a mužstvo na štvrtom mieste malo iba 7-bodový náskok nad posledným United. Manchester v niekoľkých ďalších zápasoch zvíťazil a nakoniec obsadil dvanáste miesto. Z ligy vypadli Spurs a Middlesborough. O rok neskôr skončili United na sedemnástom mieste a v roku 1930/31 z ligy opäť vypadli...

Už od začiatku nešťastnej sezóny boli United v problémoch. Nelenili však priaznivci klubu (Supporters Club), ktorí sa rozhodli vypracovať akýsi plán záchrany. Ten pozostával z piatich bodov.

Fanúšikovia žiadali:
1. nového trénera
2. zdokonalený systém získavania hráčov (skautingu)
3. niekoľko nových hráčov
4. päť ľudí spomedzi vlastníkov klubu dosadiť do vedenia
5. navýšenie finančných prostriedkov v prospech klubu

Klub však požiadavky fanúšikov ignoroval a vyhlásil, že Supporters Club je neoficiálnou organizáciou, ktorú vedenie neuznáva. Vraj nie je reprezentatívnou vzorkou fanúšikov. Tí sa teda rozhodli pre ostrejšie kroky – v prípade ďalšieho nerešpektovania vraj odignorujú najbližšie domáce zápasy. Klub nereagoval. Rozpory však vznikli aj medzi fanúšikmi – jedna skupina bola proti bojkotu a prezentovala názor, že klub potrebuje aby stáli za ním. Na zápas proti Arsenalu očakávali médiá 50 000 fanúšikov, na štadión ich nakoniec prišlo iba 23 000. United prehrali 1:2 a rozbehla sa ich nevydarená séria. Návštevy naďalej klesali a na posledný zápas, ktorým bola remíza 4:4 s Middlesborough bolo zvedavých už iba 3 900 skalných! Počas sezóny Manchester zvíťazil iba v siedmych stretnutiach, prehral až v 27. Dovedna inkasoval 115 gólov... Po sezóne vedenie klubu vyhodilo trénera Herberta Bamletta. Náhradu zaňho však neurčilo a tak sa tejto úlohy chopili zamestnanci klubu Walter Crickmer a Louis Rocca.

Klub sa v tom čase dostal do obrovskej finančnej tiesne a bol veľmi blízko krachu. V roku 1931 sa však našiel záchranca. Pán James Gibson dal United 2 000 libier, ktoré mali pokryť okamžité výdavky. Navyše prisľúbil ďalšiu pomoc, ktorá však mala prísť až po rekonštrukcii vedenia klubu. Tá sa aj uskutočnila a z Gibsona sa stal prezident.

Po vyhodení Herberta Bamletta začalo vedenie United hľadať nového trénera. Nakoniec sa vhodný nástupca našiel až v júli 1932 – bol ním Scott Duncan – bývalý hráč, ktorý hrával ešte počas vojny. Vedenie mu schválilo plat 800 libier ročne. Duncan sa zaviazal priniesť do tímu novú krv a rekonštruovať mládežnícky systém. V prvej sezóne pod jeho vedením skončil klub na šiestom mieste v druhej lige.

Ďalšia sezóna bola omnoho horšia. United sa celý rok trápili a skúšali stále nových a nových hráčov – za ročník 1933/34 dovedna 38! V poslednom kole cestovali do Milwallu s vedomím, že iba víťazstvo ich uchráni pred zostupom do tretej ligy. V tom čase mali na svojom konte 32 bodov, Milwall ich mal 33. Tím z Manchestru v historickom zápase zvíťazil 2:0 a v druhej lige obsadil dvadsiate miesto. Po návrate domov čakalo hráčov na stanici obrovské množstvo fanúšikov, ktorí oslavovali aspoň zčasti šťastné okamihy...

V sezóne 1934/35 skončili United na piatom mieste druhej ligy, o rok neskôr sa im darilo ešte viac. Poslednú prehru ročníka 1935/36 zaznamenal Manchester 4. januára, od tej doby hral ako z učebnice. Tréner Scott Duncan sa hrdo pýšil jeho zámerom – von remizovať, doma vyhrávať – ktorý mu vychádzal! Manchester United nakoniec druhú ligu vyhral a získal si späť verných fanúšikov. Veď len na zápas do blízkeho Bury ich s hráčmi cestovalo 20 000!

Z návratu medzi elitu sa však klub dlho netešil – už po roku totiž vypadol. Vedenie však malo šťastnú ruku pri nákupe hráčov – dotiahlo Johnnyho Careya z Dublinu a Jacka Rowleyho z Bournemouthu. Tréner Duncan rezignoval, no Manchester sa dostal do správnych koľají. Zo 42 zápasov ročníka 1937/38 nakoniec United vyhrali 22-krát, remizovali 9-krát a prehrali 11-krát. To im stačilo na druhé miesto a opätovný návrat medzi elitu – tentoraz už na dlhšiu dobu.

V ročníku 1938/39 získal Manchester v prvej lige dovedna 38 bodov, čo mu stačilo na konečné štrnáste miesto. Ďalšiu sezóny začali United víťazstvom 4:0 nad Grimsby, potom remizovali s Chelsea a prehrali s Charltonom 0:2. Potom sa však začala 2. Svetová vojna a sezóna bola zrušená. Anglické súťaže pauzovali až do jesene 1946...

Smutný deň pre Old Trafford prišiel v noci 11. marca 1941, keď sa Nemci rozhodli bombardovať Manchester. Veľké škody vznikli i na Old Trafforde, na ktorého rekonštrukciu sa dlho nevedeli nájsť financie. Tribúny zarástli trávou a kríkmi, ktoré boli na niektorých miestach vysoké až dva metre. United sa však dohodli s konkurenčným klubom Manchester City a začali používať štadión na Maine Road. Onedlho na to sa stretli vo vzájomnom súboji, ktorý vyhrali hráči United 7:1!

Po vojne sa na lavičku manchesterského top tímu posadil 34-ročný Matt Busby, bývalý obranca Liverpoolu i Manchesteru City a kapitán reprezentácie Škótska. Ako povedal sám Busby, napriek viacerým lákavým ponukám sa potreboval vrátiť späť do Manchestru – a preto uprednostnil ponuku United. Vtedy to ešte nikto nemohol tušiť, no príchod Busbyho bol významným krokom v histórii Manchestru United.

Od jesene 1946 si ľudia opäť nachádzali cestu na štadióny po celom Anglicku. Priemerné návštevy dosahovali približne 50 000 fanúšikov. Manchester United však stále nehral na rozbitom Old Trafforde, jeho prechodným domovom bol Maine Road. V tíme bolo niekoľko kvalitných hráčov – brankár Jack Crompton, hráči Johnny Carey, John Aston, Chilton, Warner, Cockburn, Jimmy Delaney, Stan Pearson, Jack Rowley či Charlie Mitten. Celý tím bol dopĺňaný skvelým Mattom Busbym a v povojnových rokoch zožal nemalý úspech. Najlepším strelcom sezóny 1946/47 sa stal s 26 gólmi Jack Rowley, nasledoval ho s 19 presnými zásahmi Stan Pearson. V lige získali United nakoniec 56 bodov a obsadili druhé miesto. Podobne druhé miesto získal klub i v ďalších dvoch ročníkoch – k titulu chýbal iba malý krôčik.

Veľký úspech prišiel pre „Červených diablov“ v roku 1948, keď sa tím United po viacerých kvalitných výkonoch prepracoval až do finále FA Cupu. Tam naň čakal Blackpool, ktorý šiel vďaka úspešne realizovanej penalte do vedenia už v 12. minúte. Na 1:1 vyrovnal o 15 minút neskôr Jack Rowley. Blackpool sa však nevzdával a vďaka Hughovi Kellymu šiel do vedenia i druhý krát. Manchester však znova vyrovnal, a opäť vďaka Jackovi Rowleyimu. Rozhodujúci gól nakoniec zaznamenal Stan Pearson a United mohli oslavovať druhý titul v FA Cupe vo svojej histórii.

Po ôsmich rokoch absencie na domácom štadióne Old Trafford došlo k návratu v roku 1949. Väčšina štadióna bola zrekonštruovaná a na prvý zápas proti Boltonu bolo sprístupnených 42 000 miest. Prvým strelcom na zrekonštruovanom štadióne sa stal Charlie Mitten, ktorého zásah pomohol k víťazstvu 3:0.