Preto sa Napoleon snažil o ďalšie víťazstvo na pevnine. Následujúca bitka sa odohrala na začiatku decembra 1805 na Morave pri Slavkove. Dostala názov Bitka troch cisárov. Nepriateľské vojska prišli až o tretinu svojich mužov, a tak Napoleon z bojiska opäť odišiel ako víťaz.
Mier s Rakúskom bol podpísaný 26. decembra 1805 v Bratislave. Rakúsko muselo prijať všetky podmienky, ktoré mu Bonaparte nadiktoval.
Ešte v deň, keď Napoleon podpísal mier, dal svojmu vojsku príkaz, aby vyrazilo na Neapol. Tam panovali neapolskí Bourbonovci, ktorí sa zachránili útekom.

Rok 1806 prvý konzul prežil prevažne v Paríži. Tento rok možno charakterizovať ako akýsi stav polomieru a polovojny. Prusko stále váhalo, či sa má prikloniť k Francúzsku, alebo k jeho nepriateľom. Nakoniec sa pridalo k nepriateľom a v polovici septembra sa utvorila mocná koalícia – Prusko, Anglicko, Švédsko a Rusko. A už začiatkom októbra vznikol prvý vojenský konflikt medzi Pruskom a Francúzskom. Víťazstvom Francúzsko získalo celé stredné Nemecko.
Francúzi postupovali ďalej a obsadili Weimar.
Bonaparte 21. novembra 1806 v Berlíne podpísal dekréty o kontinentálnej blokáde. Znamenali totálnu blokádu Britských ostrovov. „Chcem dobyť more mohutnosťou zeme“, vyhlásil Napoleon.

Najnaliehavejšou úlohou však bolo vyriešenie problémov Pruska. Práve tu sa už výrazne prejavila Bonapartova nenásytnosť, ktorú sprevádzala strata súdnosti
a objektívneho zhodnotenia situácie a ktorá ho napokon priviedla do záhuby. Napoleon uložil Prusku nezmyselne a nereálne vysokú vojnovú daň, na jeho území rozložil svoju armádu a žiadal od neho odstúpenie veľkých území a okamžitý rozchod s Ruskom. Pruskému kráľovi neostávalo nič iné, len prosiť o pomoc Ruského cára Alexandra I. Bezohľadnosť voči Prusku zákonite viedla k novej vojne s Ruskom. Stopäťdesiattisícová francúzska armáda vstúpila do Poľska. Napoleon prežil celú zimu vo Varšave.

Keď sa koncom januára 1807 dopočul, že ruská armáda sa vydala na pochod, odobral sa k svojim vojakom. Obe armády sa stretli v bitke pri Preussisch-Eylau. Bola to jedna z najkrvavejších napoleonských bitiek. Rusi mali 30 000 mŕtvych a ranených, Francúzi 20 000.
Štrnásteho júna 1807 došlo k bitke pri Friedlande. Víťazom bol Napoleon. Ruský cár požiadal Napoleona o stretnutie a Francúzsko s Ruskom opäť nadviazali priateľské vzťahy. V oboch krajinách došlo k uvolneniu napätia, nastal všeobecný spoločenský rozkvet, spoločnosť sa opájala optimizmom a novými nádejami. Nie však nadlho.

Na jeseň roku 1807 Napoleon prikázal jednému z generálov, aby na čele francúzskeho vojska vtrhol do Portugalska. Tento ťah však Francúzmi nebol pokladaný za vojnu. Išlo vraj len o opatrenie na zachovanie kontinentálnej blokády. Francúzsko a Španielsko podpísali dohodu o rozdelení Portugalska. Počas tejto výpravy sa Napoleon presunul do Talianska. Do Florencie vstúpila francúzska armáda a na toskánsky trón bola namiesto Márie Lujzy Bourbonskej dosadená Elisa z dynastie Bonapartovcov. O pol roka celé Toskánske kráľovstvo pričlenili k Francúzsku. Všetky tieto zmeny sa však obišli bez jediného výstrelu.

Napoleon sa nechcel o Portugalsko deliť so Španielskom, v ktorom v tej dobe vládla komplikovaná politická situácia spojená s bojom o trón a presadzovaním rozličných názorov medzi jednotlivými predstaviteľmi Bourbonského rodu. Bonaparte sa ponúkol, že stav v Španielsku zmení a situáciu vyrieši. Dal si pozvať predstaviteľov vládnucej dynastie. Celé stretnutie skončilo tak, že sa všetci uchádzači o trón „dobrovoľne“ vzdali svojich nárokov. Za španielského kráľa bol vyhlásený Jozef Bonaparte – Napoleonov brat.

Odcudzenie Španielského kráľovstva vyvolalo pohoršenie u všetkých Európskych monarchov. Každý z nich sa obával, či sa na rad nedostane práve on.
Úder proti Napoleonovi však prišiel z inej strany. V Španielsku vypuklo povstanie, ktoré onedlho nadobudlo všeľudový charakter. Spočiatku bolo úspešne potláčané francúzskymi vojskami, až kým 23. júla nepadlo do zajatia 18 000 francúzskych vojakov, z ktorých väčšina neskôr zahynula. Kapitán bol nútený podpísať mier.
Onedlho vypuklo povstanie aj v celom Portugalsku. Navyše sa tam vylodili anglickí vojaci. Francúzi museli znova kapitulovať. Vedomie neporaziteľnej armády pomaly ale isto ustupovalo... Pomaly sa začalo prebúdzať aj Nemecko.

Napoleon tiež počítal s povstaním Rakúšanov, preto sa snažil oprieť o spojenectvo s Ruskom. V septembri a októbri 1808 sa v Erfurte uskutočnilo stretnutie francúzskeho cisára a ruského cára, na ktoré pozvali aj spojencov z nemeckých štátov. Po tom, ako 12. októbra Napoleon podpísal spojeneckú dohodu, odišiel do Paríža a onedlho sa vydal do Španielska, aby sa postavil na čelo svojej armády. Štvrtého decembra vstúpil do Madridu. Odtiaľ po ťažkých bojoch hnal francúzsku armádu v ústrety Angličanom.