Ale po tom, ako sa dozvedel, že Rakúsko sústredí na bavorsko-talianskych hraniciach veľké vojenské sily, opustil svojich vojakov a odišiel do Paríža. Tam riešil niektoré vnútroštátne záležitosti. Z jeho vystupovania voči niektorým vysoko postaveným úradníkom bolo zrejmé, že mu pomaly dochádzajú nervy a stráca súdnosť.
Napoleona prekvapila 12. apríla 1809 správa, že rakúska armáda prekročila rieku Inn. Pomaly začala obsadzovať Mníchov. Bonaparte sa vydal na cestu a už 18. apríla 1809 v Ingolstadte prevzal priame velenie vojenských operácií. Rakúska armáda bola rozdrvená do poslednej hlavy a cesta na Viedeň bola voľná. Bonaparte napriek zraneniu bojisko neopustil a pokračoval vo velení.

Jedna z jeho najúspešnejších bitiek sa odohrala 5. a 6. júna pri Wagrame. Bola neobyčajne krutá a straty na oboch stranách boli veľké. Z Wagramu však ako víťaz odišiel Napoleon. Rakúšania ho preto oslovili s ponukou mieru. On okamžite pristal. Rokovania o prímerí sa skončili 14. októbra 1809 Schonbrunnskou dohodou. Podmienky, ktoré Napoleon Rakúsku vnútil boli neobyčajne kruté a ponižujúce. Navyše sa oženil s rakúskou princeznou Máriou Lujzou. Ich sobáš sa konal 1. apríla 1810 v Paríži. Márii Lujze sa v roku 1811 narodil syn.

8. NAPOLEONOV PÁD

V roku 1811 sa na program dostala aj vojna proti Rusku, francúzskemu nedávnemu spojencovi. Cár Alexander I. sa začal obávať, že Napoleon chce obnoviť Poľsko.
Včas ráno 24. júna 1812 vstúpila Napoleonova armáda cez rieku Nemen na územie Ruskej ríše. Francúzska armáda bola tak veľká, že prechod cez túto rieku údajne trval dva dni. Spočiatku išlo všetko veľmi ľahko. Celá armáda sa bez problémov presunula hlboko do Ruskej ríše. Napoleon počítal, že Alexander sa bude pokúšať čo najskôr uzavrieť mier. Hneď v prvých dňoch vojny chcel ruskému vojsku vnútiť rozhodujúcu bitku. Ruská armáda pozostávajúca z dvoch vojsk však začala ustupovať. Z hľaiska obrovskej číselnej prevahy Francúzov to bola jediná správna taktika. Napoleon napokon nemal s kým bojovať. Naviac prechádzal úplne prázdnymi dedinami. Miestni obyvatelia opúšťali svoje domy a ničili všetko, čo by sa mohlo stať korisťou nepriateľa. Francúzski vojaci padali od hladu a vyčerpania. Z pôvodných 610 000 vojakov Napoleonovi pri Vitebsku zostalo len 250 000. Vo Viterbsku Francúzi zostali dva týždne. Najvyšší predstavitelia armády už vtedy Napoleona varovali, aby nepostupoval ďalej. On ich však neposlúchol.

K povestnej bitke pri Borodine došlo 1. septembra 1912 a možno ju hodnotiť ako najkrvavejšiu bitku v doterajších európskych dejinách. Napoleon síce vyhral, ale toto víťazstvo bolo v skutočnosti predohrou jeho pádu.

Presne o týždeň po Borodinskej bitke francúzske vojská vstúpili do Moskvy. Ruská armáda vydala nepriateľovi druhé najvýznamnejšie mesto krajiny bez jediného výstrelu. Ústup z Moskvy nariadil vrchný veliteľ Kuruzov na svoju vlastnú zodpovednosť. Jeho rozhodnutie mnohí nechápali a odsudzovali. V skutočnosti bolo súčasťou premyslenej, možno povedať, že geniálnej taktiky a predvídavosti. Keď Napoleon vstúpil do Moskvy, bola vyľudnená a opustená. Večer 14. septembra bola navyše vypálená.

Bonaparte začal z Moskvy posielať Kutuzovovi a Alexandrovi I. ponuky na mierové rokovania. Ani na jednu z nich nedostal odpoveď.
Vojna sa dostala do slepej uličky. Napoleonovi vojaci strávili v Moskve tridsaťštyri dní a na rozkaz cisára ju 19. októbra opustili. Neporaziteľná armáda zúfalo utekala. Na ústupe jej prehradil cestu Kutuzov a 24. októbra pri Malojaroslavci došlo k bitke. Navyše nastala zima. Francúzska armáda sa rozkladala a doliehalo na ňu zúzalstvo. 5. decembra 1812 Napoleon zdecimovanú armádu zveril Muratovi a s malou družinou sa tajne vydal do Paríža, kam dorazil 18. decembra.
V januári 1813 francúzska armáda prakticky nejestvovala. Ale už v najbližších mesiacoch sa Napoleonovi podarilo zorganizovať novú, polmiliónovú gardu. Znova sa pustil do bitiek a vyhrával. Francúzsko opäť obsadilo Sasko.

Protifrancúzska koalícia sa však zväčšovala. Vstúpilo do nej aj Rakúsko a švédske ozbrojené sily. 14. a 15. augusta sa odohrala bitka pri Drážďanoch, Kde Napoleon naposledy vyhral. Už v nasledujúcej bitke pri Lipsku 16.-18. októbra 1813 Francúzi utrpeli zdrvujúcu porážku. Začiatkom roku 1814 sa vojna preniesla na francúzske územie. 31. marca 1814 vstúpili nepriateľské vojská na čele s Alexandrom I. do Paríža. Napriek tomu, že Paríž padol, Bonaparte sa nemienil vzdať. Zhromaždil šesťdesiattisícovú armádu a chcel vytvoriť protiútok. Najvyšší generáli však jeho plán odmietli a Napoleon bol nútený podpísať abdikáciu. Po tom, ako odstúpil, zostal na zámku Fontainebleau so svojimi najbližšími a služobníctvom. 12. apríla 1814 sa pokúsil o samovraždu.