Snem hneď vo svojom prvom prijatom zákone menoval vládu s ôsmimi ministerstvami, ktorú zároveň splnomocnil vydávať zákonné nariadenia – odôvodňujúc to mimoriadnymi pomermi a potrebami zabez-pečiť poriadok v štáte. Obsadenie ministerských kresiel do jesene 1944 bolo vcelku stabilné – až na zmeny súvisiace s prevzatím prezidentskej funkcie Tisom a s vyradením K. Sidora a F. Ďurčianského zo slovenského vnútropolitického života. Kreslo ministerského predsedu obsadil v októbri 1939 V. Tuka. Napriek tomu, že Ústava dávala značné právomoci snemu i kontrolnému orgánu – Štátnej rade, zákonodarná a výkonná moc sa stále viac sústreďovala v rukách prezidenta – vodcu a vlády, resp. jej najvplyv-nejších členov – F. Ďurčianského do r.1940, V. Tuku a A. Macha.

Administratívne sa slovenský štát delil na 6 žúp a 61 okresov. Krajinský úrad v priebehu roku 1939 likvidovali. Jeho funkcia prešla na Ministerstvo vnútra a župné úrady. Vo verejnej vnútornej správe boli volené samosprávne orgány nahradené menovanými, ktoré mali zabezpečiť aj na okresnej, resp. miestnej úrovni hegemóniu Hlinkova slovenská ľudová stana - HSĽS. Správny aparát i mocenské zložky prevzal nový štát z bývalej Československej republiky, čo z hľadiska ďalšieho vývinu režim vnútorne oslabovalo. Ľudácka vláda však zároveň budovala aj viaceré nové mocenské a administratívne inštitúcie, v ktorých činnosti a politickom profile sa hneď od začiatku prejavoval nastúpený fašistický kurz: koncentračný tábor v Ilave, Úrad propagandy, Ústredný hospodársky úrad, Ústredňa štátnej bezpečnosti atď. Ústredňa štátnej bezpečnosti s osobitným protikomunistickým oddelením sa stala jedným z najpoužívanejších mocenských nástrojov klérofašistického režimu pri perzekúcii politickej opozície každého druhu.

Jedinou povolenou slovenskou politickou stranou bola Hlinkova slovenská ľudová strana, ktorá početne prudko vzrástla z 50 000 členov roku 1939 na 280 000 členov roku 1943. Priamou súčasťou vládnucej strany sa stali ženské, mládežnícke, záujmové, kultúrne i viaceré náboženské organizácie. Odbory, ako aj všetky spoločenské organizácie boli zjednotené, a pokiaľ sa neprispôsobovali ľudáckej ideológii a požiadavkám, boli rozpustené. HSĽS sa budovala podľa fašistického vzoru, na vodcovskom princípe. Jej najvyšším orgánom bol zjazd, ktorý sa však zišiel počas existencie slovenského štátu iba raz – v septembri 1939.
Dôležitým článkom mocenského systému slovenského štátu sa stala Hlinkova garda – HG, ktorá z pôvodnej údernej polovojenskej organizácie HSĽS prerástla vo významného politického činiteľa s veľkými politickými ašpiráciami. Poskytovala oporu radikálno-fašistickým silám a v rámci vnútorného boja vo vládnom ľudáckom tábore sa dostávala neraz do kompetenčných konfliktov nielen s administratívnym, vojenským a bezpeč-nostným aparátom štátu, ale aj do politických sporov s časťou oficiálneho vedenia HSĽS. Zápas vo vnútri vládnucich kruhov prebiehal s rôznou intenzitou po celú dobu existencie slovenského štátu. Povinné členstvo pre mužov bolo stanovené od 18 do 60 rokov.

Branné úlohy plnila aj Hlinkova mládež – HM budovaná podľa vzoru nacistickej Hitlerjugend. Táto mala za cieľ vychovávať mládež vo veku od 6 do 18 rokov v duchu extrémneho nacionalizmu, antidemokratizmu, fašizmu. Napriek tomu, že do organizačnej práce HM bola zapojená značná časť aparátu ľudáckeho školstva a výdatne ju podporovala rímskokatolícka cirkev, nepodarilo sa tejto totalitnej organizácii výraznejšie ideovo ovplyvniť, ani organizačne podchytiť väčšinu slovenskej mládeže. Postupne vplyv HM upadal, členstvo v nej sa stávalo spravidla iba formalitou.

Súčasťou nacistickej hegemónie na Slovensku sa stalo aj nemecké obyvateľstvo, ktoré z veľkej časti podľahlo veľkonemeckej propagande a ktoré ovládala Deutsche Partei - DP vedená F. Karmasinom, ktorý mal právo zúčastňovať sa na rokovaniach vlády. V strane bolo zorganizovaných takmer 60 000 členov zo 140 občanov hlásiacich sa k nemeckej národnosti. DP vznikla už v novembri 1938 ako ideová dedička veľkonemecky orientovanej Karpatendeutsche Partei. Bola organizovaná na vodcovskom princípe a stala sa najmilitantnejšou nositeľkou nacistickej ideológie na Slovensku. Arogantné vystupovanie jej predstaviteľov, doprevádzané pouličnými výtržnostiami jej úderných oddielov, vyvolávali prirodzený odpor i obranné reakcie slovenského národa.