Až keď bezprostredne hrozila veľká španielska invázia, presvedčili Alžbetu jej ministri, že Mária je príliš nebezpečná na to, aby mohla zostať nažive. R. 1587 ju preto na fotheringhayskom hrade popravili. V nasledujúcom roku vyplávala na more španielska "neporaziteľná armáda". Španieli a pápež ju chápali ako rozhodujúcu križiacku výpravu proti protestantskej Jezabel. Hlavná španielska armáda pod velením vojvodu z Parmy mala vyraziť zo Španielskeho Nizozemska a vylodiť sa na anglickom pobreží. Armáda pozostávajúca zo 130 galeón a ďalšie vojsko mali takisto preplávať Lamanšský prieliv a spojiť sa s parmským vojvodom.

Postavenie anglickej kráľovnej bolo nezávideniahodné: keby sa španielske jednotky vylodili v plnej sile, mohlo by sa proti nim vojsko, ktoré mala Alžbeta k dispozícii, postaviť. Iná situácia bola v námorných silách. Počtom si boli obidve flotily rovnaké, anglické lode však boli menšie, rýchlejšie a pohyblivejšie.

Alžbeta zhromaždila vojsko v Tilbury, vyskočila na koňa a zvolala: "Viem, že mám telo slabej a krehkej ženy, ale mám aj srdce a guráž kráľa Anglicka!" Anglickej flotile velil lord Howard, John Hawkins a Francis Drake, ktorí napádali armádu tak úspešne, že musela vplávať do prístavu v Calais, aby sa preskupila. Howardova flotila odvážnym útokom oddelila jadro armády od zápalných lodí a prerušila jej spojenie s parmským vojvodom. Angličanom prialo i počasie. Španielske lode sa museli cez Severné more a pozdĺž škótskeho pobrežia vrátiť do Španielska, najmenej polovica z nich bola vážnejšie poškodená. Neúspech armády bol ťažkou ranou pre španielskeho kráľa Filipa II., ktorý sa ukryl pred ľuďmi a oddal sa modlitbám. Po celej Európe vzrástla prestíž Anglicka a sebavedomie protestantov. Obdivu k anglickej kráľovnej sa nevedel ubrániť dokonca ani nový pápež Sixtus V. Počas celej svojej vlády Alžbeta premyslene dbala o svoju povesť a zostala veľmi obľúbenou panovníčkou. Skutočnosť, že zostávala "panenskou kráľovnou", bola politickým rozhodnutím. Podobne ako jej otec sa aj Alžbeta rozhodla byť jedinou a absolútnou vládkyňou. Keď po 45 rokoch na tróne 24. marca 1603 zomrela, vážili si ju doma i v zahraničí ako nijakú inú anglickú kráľovnú a len málo panovníkov pred ňou.