Jeden z clunyjských mníchov sa vraj vychvaľoval slovami: "Teraz som skutočným rytierom, pretože sa riadim len príkazmi kráľa - mojím pánom je kráľ Odilo z Cluny!" Ešte za Petra Ctihodného však zostávalo Cluny centrom monasticizmu (kláštorníctva). Opát Peter poskytol útočisko Petrovi Abélardovi, keď asketický svätý Bernard z Clairvaux obvinil tohto teológa z kacírstva. Peter Ctihodný podporil aj latinský preklad Koránu. Ukázal tým, že v čase križiackych výprav treba proti islamu nielen bojovať, ale ho aj dobre poznať. Po Petrovej smrti Cluny stratilo svoje výnimočné postavenie. Clunyjský kláštor sa nevedel prispôsobiť individualizmu a vnútornej duchovnosti, ktorá sa objavila v 12. storočí s cisterciánskym rádom.

Od roku 1518 sa opátmi stávali "stále neprítomní prisluhovači", ktorých vyberal francúzsky kráľ. Patrili medzi nich aj také významné osobnosti ako kardináli Richelieu a Mazarin v 17. storočí. Kláštor v Cluny výrazne zasiahli francúzske náboženské vojny: roku 1563 hugenoti spálili knihy z kláštornej knižnice a drancovanie pokračovalo až do vydania Nanteského ediktu roku 1598. Podobne ako v prípade väčšiny ostatných francúzskych opátstiev, aj tu znamenala koniec Francúzska revolúcia. Kláštorný život sa zastavil v roku 1790 a 25. októbra 1793 slúžili v Hugovom treťom kostole naposledy omšu. Roku 1798 kúpili prázdne budovy kláštora dvaja obchodníci z Maconu. Zvyšky južného transeptu - priečnej lode chrámu - stoja dodnes ako pripomienka veľkoleposti clunyjského kláštora v čase rozkvetu v 11. storočí.