Na povstaleckom území sa chopila moci SNR. 1. septembra vydala deklaráciu, v ktorej vyhlásila obnovenie Česko–slovenskej republiky, ako demokratického štátu s novým, spravodlivým národnostným a sociálnym usporiadaním. SNR sa deklaráciou prihlásila k protifašistickej koalícii a zaviazala sa obnoviť Česko-Slovensko, ale už ako federatívny štát. Takisto bol vytvorený aj tzv. Zbor povereníkov, predstavujúci povstaleckú vládu.
Myšlienku vytvorenia Česko-Slovenska ako federatívneho štátu musela rešpektovať aj vládna delegácia vyslaná z Londýna do Banskej Bystrice a hoci nerád, aspoň dočasne aj prezident Eduard Beneš.

Po potlačení povstania nastalo na Slovensku obdobie tvrdého teroru. Všetci, ktorí sa zapojili do povstania a nepodarilo sa im ukryť, boli vystavení teroru jednotiek SS a Pohotovostným oddielom Hlinkovej gardy.
Mnohé dediny a horské osady boli vypálené a dolapení povstalci boli buď odvlečení do koncentračných táborov, alebo na mieste popravení. Celkový počet popravených predstavuje zhruba 5 000 obetí.
Židia sa začali opäť posielať do vyhladzovacích táborov. Bratislavská vláda postupne stratila kontrolu nad krajinou. Všetko bolo v rukách okupačnej nemeckej armády. Nová vláda na čele so Štefanom Tisom, ktorú prezident Jozef Tiso vymenoval 5. septembra, sa iba nečinne prizerala akciám nemeckých jednotiek.

No, koniec vojny sa už nezadržateľne blížil. Červená armáda a 1. československý armádny zbor prekročili 6. októbra 1944 Dukliansky priesmyk a vstúpili na územie Slovenska. Prvý ukrajinský front a Prvý československý armádny zbor postupovali zo severovýchodu, 4. ukrajinský front z východu a 2. ukrajinský front spolu s rumunskou armádou od juhovýchodu. Postup spojencov značne sťažoval hornatý terén, napokon však vytlačením nemeckých vojsk z Bratislavy 4. apríla 1945 bola väčšina slovenského územia oslobodená, ale vojna sa na slovenskom území definitívne skončila až začiatkom mája. Prezident Jozef Tiso emigroval do Rakúska. Eduard Beneš 3. apríla priletel z Moskvy do Košíc a 5. apríla nová vláda, menovaná Benešom, vyhlásila program známy ako Košický vládny program.